Nextera DNA Exome

Данный набор для подготовки библиотеки экзомов использует простой однодневный протокол, что позволяет быстро получить данные об исследуемом человеческом экзоме.

Nextera DNA Exome

Данный набор для подготовки библиотеки экзомов использует простой однодневный протокол, что позволяет быстро получить данные об исследуемом человеческом экзоме.
Nextera DNA Exome имеет два варианта конфигурации. Продукт, ранее известный как TruSeq Rapid Exome Library Prep Kit, теперь называемый Nextera Exome Kit и доступен в виде готового набора. Альтернативно, для того, чтобы использовать пробоподготовку Illumina Nextera DNA Exome с реагентами для обогащения экзома xGen от IDT, основные компоненты (пробоподготовка и индексированные адаптеры) могут быть приобретены отдельно. Полный список компонентов, доступных для покупки по отдельности, уточняйте у наших менеджеров. Реагенты IDT xGen exome enrichment можно приобрести у IDT.

Nextera Exome Kit предоставляет собой простой и эффективный метод распознавания экзонных вариантов с высокой достоверностью. Быстрые пробоподготовка и процесс обогащения экзома обеспечивает подготовку библиотек менее чем за 2 дня без необходимости в дополнительном оборудовании, предоставляя лабораториям возможность планировать свои проекты в соответствии с количеством образцов. Преимущества включают в себя:

Усовершенствованная химия на основе транспосом приводит к уменьшению систематических ошибок во время пробоподготовки и обогащения экзома
Быстрый рабочий процесс, занимающий менее чем 2 дня (и всего 3 часа работы руками).

Проверенное качество данных Nextera

Набор Nextera Exome обеспечивает в среднем >75% прочтений целевой последовательности. Этот высокий целевой показатель требует меньшего количества циклов секвенирования для достижения желаемого уровня покрытия, но при этом все равно достигает равномерного покрытия для получения достоверных результатов.

Подробнее о расчете прогнозов покрытия см. калькулятор покрытия последовательности.

Вы можете заказать отдельные составляющие набора - подробности уточняйте у наших менеджеров.

Спецификации

Время анализа	< 2,5 дней
Время непосредственно ручной работы	3 часа
Тип нуклеиновой кислоты	ДНК
Количество стартового материала	50 нг геномной ДНК
Особенности содержимого	Захватывает кодирующие экзоны. Охватывает 45 Mb содержимого экзонов (≥98% кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl).
Описание	Экономически выгодный набор, нацеленный на ≥98% кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl.
Мультиплексирование	До 12-плексного обогащения
Механизм действия	Фрагментация на основе транспозазы и обогащение экзома биотинилированными зондами захвата
Таргетные прочтения	>75%
Равномерность	> 75% (% покрытия при 20x для 4 Gb)
Для исследования каких видов подходит	Человек
Метод	Секвенирование экзома
Для работы с какими платформами подходит	HiSeq 3000, HiSeq 4000, NextSeq 500, NextSeq 550, NextSeq 550Dx (в исследовательском режиме), NovaSeq 6000
Специальные типы образцов	Малое количество стартового материала; несовместимые с FFPE
Технология	Секвенирование
Возможность автоматизации	Автоматические станции пипетирования

Секвенатор	Рекомендуемое количество образцов	Длина прочтения
NextSeq 550	Образцов за запуск: mid output: 3, high output: 12 (на основе 50 млн. прочтений, 50-кратного покрытия, 4 Gb данных)	2 х 75 п.о. (максимальная рекомендация)
HiSeq 2500	Образцов за запуск (двухпотоковая ячейка): rapid run: 24, high output: 156 (на основе 50 млн. прочтений, 50-кратного покрытия, 4 Gb данных)	2 х 75 п.о. (максимальная рекомендация)
NovaSeq 6000	Образцов за запуск (двухпотоковая ячейка): S1: 96, S2: 96, S4: 192 (на основе 50 млн. прочтений, 50-кратного покрытия, 4 Gb данных)	≤ 2 × 100 п.о.

Сравнение наборов

	Nextera DNA Exome	TruSeq DNA Exome	AmpliSeq for Illumina Exome Panel	Nextera Flex for Enrichment
Время анализа	< 2,5 дней	2,5 дня	< 7.5 часов (время включает в себя только подготовку библиотеки и не включает в себя определения качества библиотеки, нормализацию или пулирование)	~6,5 часов
Время непосредственно ручной работы	3 часа	6 часов	< 1,5 часов	~2 часа
Особенности содержимого	Захватывает кодирующие экзоны. Охватывает 45 Mb содержимого экзонов (≥98% кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl).	Захватывает кодирующие экзоны. Охватывает 45 Mb содержимого экзонов (≥98% кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl).	> 97% CCDS	Exome: 45 Mb экзонического контента (≥98% кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl). Пользовательский: 0,5 - 15 Mb интересующего геномного контента. Фиксированные панели: содержимое зависит от панели.
Количество стартового материала	50 нг геномной ДНК	100 нг геномной ДНК	50 нг минимум	10-1000 нг высококачественной геномной ДНК или 50-1000 нг ДНК из FFPE. (Кровь и слюна - см. в справочном руководстве)
Описание	Экономически выгодный набор, нацеленный на ≥98% кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl.	Экономически выгодный набор, нацеленный на ≥98% кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl.	Позволяет исследователям подготовить 8 экзомных библиотек за <7,5 часов (<1,5 часов непосредственно ручной работы).	Быстрое и универсальное исследовательское решение, позволяющее выполнять полногеномное или таргетное секвенирование (как на пользовательской, так и готовой панели)
Механизм действия	Фрагментация на основе транспозазы и обогащение экзома биотинилированными зондами захвата	Механическая фрагментация (Covaris) и обогащение экзома биотинилированными зондами захвата	Мультиплексная ПЦР	Совместимая с обогащением, связанная микро-шариками транспосома
Мультиплексирование	До 12-плексного обогащения	До 12-плексного обогащения	96 двойных индексных комбинаций	До 384 доступных уникальных двойных индексов. Протестировано пулирование 12 образцов перед обогащением
Таргетные прочтения	>75%	>80%	>80%	≥85% (для экзомных панелей)
Постоянство результата	> 75% (% покрытия при 20x для 4 Gb)	>85% (% покрытия при 20x для 4 Gb)	>90% (% покрытия при 20x для 4 Gb)	≥90% (% покрытия при 20x для 4 Gb; для экзомных панелей)
Для исследования каких видов подходит	Человек	Человек	Человек	Человек и др.
Метод	Экзомное Секвенировани e	Экзомное Секвенирование	Секвенирование ампликонов, Экзомное Секвенирование	Кастомное Секвенирование, Экзомное Секвенирование, Target Enrichment, Таргетное Обогащение, Таргетное ДНК Секвенирование
Специальные типы образцов	Малое количество стартового материала; несовместимые с FFPE	ткани FFPE	несовместимые с FFPE	Кровь, ткани FFPE, слюна

Тагментация без расхождений для различного количества стартового материала

Ось Y: Единицы флуоресценции (FU), Ось X: пары оснований (п.о.)

Усовершенствованная транспозомная химия подходит для работы с различным количеством стартового материала ДНК, уменьшает количество систематических ошибок и обеспечивая результаты без расхождений.

Nextera Exome Kit (готовые наборы)

Каталожный номер	Всего образцов	Количество реакций обогащения	Индексные адаптеры
20020616	24	8	24 комбинаторных двойных индекса
20020617	96	8	96 комбинаторных двойных индекса

Решение Illumina–IDT Exome Enrichment

Illumina заключила партнерское соглашение с IDT для совместного продвижения комбинированного решения по экзомному обогащению с использованием исследовательской панели xGen® Exome, которая состоит из 429 826 индивидуально синтезированных и контролируемых по качеству пробников xGen Lockdown®. Панель охватывает 39 Mb таргетного участка (19 396 генов) человеческого генома и покрывает 51 Mb end-to-end tiled пространства.
Также необходимы xGen Blocking Oligos и xGen Lockdown Reagents.

Подробнее

Пример рабочего процесса для конкретного метода

Подготовка
библиотек для:

Exome Sequencing

Секвенирование на:

NextSeq 550 System
NovaSeq 6000 System

Анализ данных с помощью:

BaseSpace BWA Enrichment App
BaseSpace Isaac Enrichment App
VariantStudio Software