Настольные приборы приближают современную эпоху NGS

Emmanuel Naouri из Illumina рассказывает о последних инновациях, которые обещают помочь новым и уже зарекомендовавшим себя пользователям систем секвенирования следующего поколения (NGS).

Секвенирование нового поколения (NGS) перешло от дорогостоящих запусков и сложных рабочих процессов к новой эре, когда для настольных приборов приоритетными являются экологичность, доступность, точность и скорость. В этом обзоре инноваций Emmanuel Naouri, заместитель директора по управлению продуктами NGS Benchtop Systems в Illumina, рассказывает о том, как секвенаторы серии MiSeq i100 были разработаны для удовлетворения потребностей опытных пользователей NGS, обеспечивая при этом простоту и поддержку, необходимые исследователям, впервые знакомящимся с этой технологией.

Каковы некоторые из предполагаемых входных барьеров , когда речь заходит о NGS?

К числу очевидных препятствий для входа в NGS относится необходимость наличия в лаборатории специалистов в области NGS, в том числе в области секвенирования генома и биоинформатики. Стоимость прибора, а также общая стоимость владения - еще одно препятствие для многих лабораторий, желающих расширить возможности NGS. Чтобы обойти эти барьеры, наш новый прибор разработан таким образом, чтобы им было легко пользоваться с момента его поступления в лабораторию.

Для первоначальной настройки не требуется поддержка Illumina, в то время как лаборанты могут быть обучены работе с прибором. Мы предлагаем комплексные решения для оптимизации рабочего процесса на протяжении всего процесса секвенирования, от отбора образцов до анализа. Что касается стоимости, то серия MiSeq i100 выпускается в двух конфигурациях с разной ценой, что обеспечивает доступные решения для различных типов клиентов. Проточные ячейки MiSeq i100 обеспечивают меньшую производительность при выводе данных и отборе проб, что идеально подходит для приложений, требующих небольшого количества проб и контроля качества библиотеки. 

Система MiSeq i100 Plus обладает более широким спектром возможностей для секвенирования каждого образца и проведения более масштабных исследований. Такие приложения, как небольшие специализированные панели для онкологии, инфекционизма или микробиологии, идеально подходят для этого решения. Мы уделяем особое внимание эффективности всего рабочего процесса на каждом этапе процесса NGS: подготовке библиотеки, упорядочиванию и анализу. Возможность оптимизировать этот процесс от начала до конца повышает затраты и эффективность работы лабораторий.

Какие потребности пользователей удовлетворяют секвенаторы серии MiSeq i100?

MiSeq i100 идеально подходит для клиентов, которые впервые работают с NGS, поскольку он предлагает ценную информацию благодаря доступному комплексному решению, которое просто для понимания и использования даже теми, кто не имеет достаточного опыта работы с NGS.

Благодаря 18 готовым комплексным рабочим процессам с кнопками для 10 приложений (и еще большему количеству приложений, которые находятся в разработке), а также результатам, получаемым в тот же день, лаборатории могут быстро приступить к работе. Благодаря его простоте и доступности группы, которые ранее отправляли образцы в стороннюю лабораторию для секвенирования, теперь могут использовать эту возможность NGS самостоятельно.

Для постоянных пользователей NGS этот инструмент предоставляет возможности, которые можно расширить за счет использования в новых приложениях NGS, а также возможность упорядочивания операций по требованию, что обеспечивает более быстрое, чем когда-либо, выполнение, а также экономичные комплексные решения для документооборота, обеспечивающие новый уровень эффективности и продуктивности.

MiSeq i100 преодолевает барьеры, с которыми сталкиваются многие лаборатории, и впервые предлагает расширенное хранение реагентов при комнатной температуре, что позволяет проводить секвенирование по требованию и доставку образцов для анализа в тот же день. Кроме того, время работы прибора в четыре раза быстрее, чем у оригинального MiSeq, и составляет всего четыре часа. Это оказывает существенное влияние на лаборатории, проводящие исследования в области распространения инфекционных заболеваний, мониторинга патогенов и анализа геномных вариаций в опухолях.

Как появление данного настольного прибора для секвенирования повлияет на результаты исследований?

Скорость и простота MiSeq i 100 позволяют лабораториям начинать анализ по требованию, благодаря реагентам, которые не размораживаются, и завершать анализы в тот же день. Наши клиенты, пользующиеся ранним доступом, выразили свой энтузиазм по поводу того, что эти функции позволят им делать больше и быстрее находить ответы.

Кроме того, улучшенное качество данных позволяет ученым с уверенностью публиковать результаты. MiSeq i 100 будет использоваться для широкого спектра исследований NGS. Например, как упоминалось ранее, эта технология идеально подходит для выявления болезнетворных микроорганизмов, мониторинга инфекционных заболеваний и анализа геномных вариаций в опухолях, а также для изучения лекарственной устойчивости.

Кроме того, лаборатории, проводящие поисковые исследования, могут быстро проверять гипотезы с меньшими затратами времени и средств.

Какие инновации или функции необходимо было внедрить в новые секвенаторы, чтобы удовлетворить потребности исследователей?

Мы внедрили инновационную технологию в нашу систему NovaSeq™ X — расширяя возможности химической системы XLEAP-SBS™, эта серия приборов позволяет проводить более быстрое секвенирование и получать аналитические данные в большем количестве лабораторий по всему миру. Кроме того, прибор облегчает анализ данных менее чем за два часа благодаря включенным рабочим процессам и встроенному или облачному программному обеспечению для анализа геномных данных DRAGEN™.

Включают ли новые секвенаторы в себя какие-либо функции обеспечения устойчивости?

Функция хранения и транспортировки при комнатной температуре дает заказчикам еще большую гибкость в планировании и реализации своих проектов, снижая при этом их воздействие на окружающую среду. Хранение в условиях окружающей среды и реагенты, не подлежащие размораживанию, сокращают время подготовки, упаковку и пространство для хранения, помогая лабораториям быстрее реагировать на срочные пробы с возможностью немедленного запуска и делая секвенирование более доступным для лабораторий, у которых нет морозильных камер или специального оборудования для хранения.

Хранение в окружающей среде также помогает повысить энергоэффективность лабораторий наших клиентов, что, в свою очередь, снижает их выбросы углекислого газа и позволяет им продвигаться вперед в достижении поставленных целей в области устойчивого развития.

Использование сухого льда и упаковочных материалов для льда в промышленных условиях помогает сократить количество отходов, упрощая их утилизацию для клиентов и снижая воздействие на окружающую среду. Перерабатываемые пластмассы и буферные картриджи упрощают утилизацию для клиентов и сокращают количество отходов на свалках. В целом, расход упаковочных материалов сокращен на 85 процентов по сравнению с оригинальной системой MiSeq.

Как качество данных и рабочий процесс анализа соотносятся с более крупными секвенаторами?

Производительность устройств серии MiSeq i100 соответствует или превосходит качество передачи данных, которое уже успели оценить пользователи настольных компьютеров.

Серия MiSeq i100 будет иметь минимальную спецификацию, позволяющую использовать более 90% базовых станций с показателем Q, превышающим 30, что обеспечивает высокую точность (99,9%) данных.

Что бы вы посоветовали ученым, которые хотят провести NGS впервые?

Исторически сложилось так, что NGS была очень сложной в использовании, со сложными рабочими процессами, требующими специальных знаний. Построение конвейера биоинформатики требует очень специфических знаний, а запуск инструмента требует значительных затрат времени и внимания. С помощью серии MiSeq i100 мы устраняем эти барьеры, упрощая рабочий процесс и анализ, чтобы секвенирование стало таким же простым, как qPCR.

Мой совет - больше не бойтесь секвенирования! Спросите наших специалистов, как это может помочь в получении более ценной информации для вашей лаборатории.

Ссылка: https://www.the-scientist.com/benchtop-instruments-bring-about-a-modern-age-of-ngs-72345