AmpliSeq для Illumina представляет собой набор панелей AmpliSeq, совместимых с системами секвенирования следующего поколения от Illumina. Решение AmpliSeq для Illumina ― это технология, основанная на мультиплексной полимеразной цепной реакции (ПЦР), для быстрой, легкой и воспроизводимой амплификации целевых участков ДНК или РНК (кДНК).

AmpliSeq для Illumina позволяет исследователям получить данные с высокой достоверностью в самых разных областях применения, включая исследования раковых и генетических заболеваний. AmpliSeq для Illumina работает с образцами ДНК и РНК и требует всего 1 нг стартового материала. При этом, в зависимости от Ваших задач и типа нуклеиновой кислоты Вам может потребоваться от 1 нг до 100 нг стартового материала.

Панели AmpliSeq подходят для различных типов образцов, таких как кровь, клеточная культура или свежезамороженная ткань, а также сложных образцов, таких как формалин-фиксированная парафиновая ткань (FFPE).

Простой быстрый и надёжный протокол

Подготовка библиотек с AmpliSeq для Illumina простая и быстрая и занимает всего 5 часов (при 1,5 часах ручной работы).

AmpliSeq позволяет исследователям анализировать сотни генов одновременно ― от 12 до >24 000 ампликонов в одной панели.

Типы панелей AmpliSeq

Панели AmpliSeq для Illumina оптимизированы для клинических исследований рака и генетических заболеваний. На сегодняшний день существует три типа панелей: Ready-To-Use, Community, Custom и On-Demand panels.

Ready-to-Use Panels

Готовые панели для выявления вариантов, наиболее часто встречающихся в каждой интересующей области, предназначенные для работы с ДНК или РНК. Панель рассчитана на 24 образца. На данный момент доступно 10 панелей.

Community Panels

Панели на заказ, разработанные и протестированные ведущими исследователями научного сообщества на основании публикаций, мнений KOL, баз данных по конкретным заболеваниям. На данный момент доступно 30 панелей на выбор.

Custom Panels

Если Вы не нашли панель с интересующими Вас генами, среди готовых панелей, Вы можете изготовить панель под заказ и включить в неё определенные Вами целевые регионы.

On-Demand panels

Готовые для заказа панели для исследования интересующих Вас генов. Выбирайте из >5000 протестированных генов релевантных для исследования наследственных заболеваний. Доступны в удобных упаковках на 24 или 96 реакций.

Биоинформатика

Создавайте отчёты, содержащие характеристики вариантов и их биологическое значение.

• Доступны решения в области биоинформатики для панелей ампликонов и ДНК, и РНК.
  
• В процессе вторичного анализа для ДНК ампликонных панелей сиквенсы выравниваются на референсный геном, после чего определяются варианты, для РНК ампликонных панелей анализируются профили экспрессии и определяются слияния генов.
  
• В процессе третичного анализа определяется биологическое значение вариантов, слияния генов и профилей экспрессии согласно опубликованным, а также конфиденциальным данным.
  

Ready-to-Use Panels

Панели AmpliSeq Ready-to-Use обеспечивают быстрый и экономичный способ сразу начать исследование, а не тратить время на дизайн ампликонов и таргетных селекций. Эти панели демонстрируют высокоточные надёжные результаты  при всего 1-100 нг стартовой ДНК или РНК.

1. AmpliSeq for Illumina BRCA Panel. Таргетная панель для изучения вариации в соматической и герминальной линиях BRCA1 и BRCA2.
2. AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2. Таргетная панель для изучения хотспотов 50 известных генов, ассоциируемых с раком. 
3. AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancer Panel. Таргетная панель для изучения экзонов 409  известных генов, ассоциируемых с раком. 
4. AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3. Таргетная панель (ДНК и РНК) для изучения вариаций в 161 гене, связанных с различными видами рака.
5. AmpliSeq for Illumina Exome Panel. Таргетная панель для секвенирования белок-кодирующих областей генома человека.
6. AmpliSeq for Illumina Focus Panel. Таргетная панель (ДНК и РНК) для изучения 52 известных генов, ассоциируемых с развитием солидных опухолей.
7. AmpliSeq for Illumina Immune Response Panel. Таргетная панель для изучения экспрессии 395 генов, участвующих в взаимодействиях опухолевой иммунной системы.
8. AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression Panel. Таргетная панель, которая измеряет уровни экспрессии > 20000 человеческих генов RefSeq.
9. AmpliSeq for Illumina Immune Repertoire Plus, TCR beta Panel. Таргетная РНК панель для исследования разнообразия и клональной экспансии Т-лимфоцитов путём секвенирования перестановок в гене бета-цепи Т-клеточного рецептора.
   
10. AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel. Таргетная панель для исследования злокачественных новообразований миелоидного ростка крови.
    

Community Panels

Панели Community предназначены для исследования большого количества различных заболеваний. Каждая панель была разработана в сотрудничестве с экспертами своей области знания.

КЛЕТОЧНЫЕ И МОЛЕКУЛЯРНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ:

1. AmpliSeq for Illumina RNA WNT Signaling Pathway Research Panel. Эта панель оценивает 169 генов, вовлечённых в сигнальный путь WNT.

2. AmpliSeq for Illumina RNA MAPK Pathway Research Panel. Эта панель оценивает 169 генов, вовлечённых в сигнальные пути MAPK.
   

3. AmpliSeq for Illumina RNA Stem Cell Research Panel. Эта панель оценивает гены, участвующие в определении характеристик недифференцированных стволовых клеток или их дифференцированных производных.
   

ИММУНОЛОГИЯ:

1. AmpliSeq for Illumina Primary Immune Deficiency Research Panel v2. Эта панель обеспечивает быстрый, точный и экономически эффективный способ определения генетических вариаций, связанных с первичными иммунодефицитами.
   

2. AmpliSeq for Illumina RNA Inflammation Response Research Panel. Эта панель нацелена на гены, участвующие в ключевых направлениях воспалительных реакций, включая хемокины.
   

ИНФЕКЦИОННЫЕ ЗАБОЛЕВАНИЯ:

1. AmpliSeq for Illumina Ebola Research Panel. Эта панель обеспечивает быстрый, точный и экономически эффективный метод исследования вируса Ebola.

2. AmpliSeq for Illumina TB Research Panel. Эта панель оценивает 8 генов, связанных с резистентностью к противомикробным препаратам в Mycobacterium tuberculosis (TB).
   

НЕЙРОБИОЛОГИЯ:

1. AmpliSeq for Illumina Neurological Research Panel. Эта панель оценивает скрытые вариации в 751 гене, влияющем на функции мозга и нервной системы.
   

ОНКОЛОГИЯ:

1. AmpliSeq for Illumina BRCA Plus, Extended Hereditary Breast and Ovarian Research Panel. Эта панель оценивает вариации зародышевой линии в 11 генах, связанных с наследственным раком молочной железы и яичников.

2. AmpliSeq for Illumina Colon and Lung Research Panel v2. Эта панель предназначена для исследования  хотспотов и таргетных областей 22 генов, связанных с заболеваниями рака толстой кишки и лёгких.
   

3. AmpliSeq for Illumina RNA Fusion Lung Cancer Research Panel. Эта панель нацелена на исследование известных фьюженов транскриптов для генов ALK, RET, ROS1 и NTRK.
   

4. AmpliSeq for Illumina Long Non-Coding RNA Research Panel. Эта панель нацелена на исследование длинных некодирующих РНК, которые определены как опухолевые супрессоры и онкогены.
   

5. AmpliSeq for Illumina Inherited Cancer Research Panel. Эта панель обеспечивает быстрый, точный и экономически эффективный способ определения генетических вариаций в 134 генах, связанных с наследственными раковыми заболеваниями.
   

РЕДКИЕ, НАСЛЕДСТВЕННЫЕ И МНОГОФАКТОРИАЛЬНЫЕ ЗАБОЛЕВАНИЯ:

1. AmpliSeq for Illumina Cardiac Arrhythmias and Cardiomyopathy Research Panel. Эта панель предназначена для исследования генетических вариаций, связанных с сердечными аритмиями и кардиомиопатиями. Она оценивает 92 гена, связанных с функциями сердца.

2. AmpliSeq for Illumina Deafness Research Panel v2. Эта панель предназначена для исследования генетических вариаций, связанных с унаследованной глухотой. Она оценивает 126 генов, связанных с функцией слуха.

3. AmpliSeq for Illumina Autism Research Panel. Эта панель обеспечивает быстрый, точный и экономически эффективный способ идентификации генетических мутаций в 236 генах, связанных с аутизмом.

4. AmpliSeq for Illumina Cardiovascular Research Panel. Эта панель предназначена для исследования генетических вариаций, связанных с наследственными сердечно-сосудистыми заболеваниями. Она оценивает 404 гена, связанных с функциями сердечно-сосудистой системы.

5. AmpliSeq for Illumina Dementia Research Gene Panel. Эта панель была разработана, чтобы помочь идентифицировать генетические вариации, связанные с ранним развитием деменции.

6. AmpliSeq for Illumina Dermatology Research Panel v2. Эта панель помогает идентифицировать генетические вариации, связанные с унаследованными дерматологическими нарушениями.

7. AmpliSeq for Illumina Dysmorphia-Dysplasia Research Panel v2. Эта панель оценивает 519 генов, связанных с наследственными заболеваниями дисморфии-дисплазии.

8. AmpliSeq for Illumina Gastrointestinal Research Panel v2. Эта панель предназначена для исследования генетических вариаций в 194 генах, связанных с наследственными желудочно-кишечными расстройствами.

9. AmpliSeq for Illumina Hearing Loss Research Panel v1. Эта панель оценивает скрытые вариации в 63 генах, связанных с потерей слуха.

10. AmpliSeq for Illumina Hematology Research Panel. Эта панель оценивает скрытые вариации в 394 генах, связанных с наследственными гематологическими расстройствами. 

11. AmpliSeq for Illumina Inborn Errors of Metabolism Research Panel v2. Эта панель обеспечивает быстрый, точный и экономически эффективный способ определения генетических вариаций, связанных с наследственными нарушениями обмена веществ.

12. AmpliSeq for Illumina Noonan Research Panel. Эта панель оценивает 14 генов, связанных с синдромом Нунана, аутосомно-доминантным врожденным расстройством.

13. AmpliSeq for Illumina Ophthalmic Research Panel. Эта панель оценивает скрытые вариации 316 генов, связанных с нарушением зрения.

14. AmpliSeq for Illumina Pulmonary Research Panel v2. Эта панель обеспечивает быстрый, точный и экономически эффективный способ определения генетических вариаций, связанных с наследственными заболеваниями легких.

15. AmpliSeq for Illumina Renal Research Panel v2. Эта панель нацелена на вариации 154 генов, влияющих на функции почек.

16. AmpliSeq for Illumina Endocrine Research Panel v2. Эта панель обеспечивает быстрый, точный и экономически эффективный способ определения генетических вариаций, связанных с наследственными эндокринными расстройствами.

17. AmpliSeq for Illumina Epilepsy Research Panel. Эта панель помогает идентифицировать генетические вариации в 386 генах, связанных с эпилепсией.

Custom Panels

Если ваши гены, представляющие интерес, недоступны в виде готовых панелей, подумайте над созданием пользовательской панели AmpliSeq для Illumina. Включите только гены и таргетные участки, которые вас интересуют.

Используйте DesignStudio, бесплатный веб-инструмент illumina, чтобы определить интересующие Вас участки и получить персонализированный состав панели, который соответствует потребностям Вашего исследования. Благодаря простому пользовательскому интерфейсу, надежным алгоритмам и динамической обратной связи, предоставляемым DesignStudio, пользовательские панели могут быть разработаны быстро и легко.

Чтобы создать новую Custom панель Ampliseq для Illumina, просто войдите в свою учетную запись DesignStudio. Выберите предварительно загруженный референсный геном, а затем начните добавлять те участки генома, которые Вам интересны.

Вы также можете загрузить файлы из списка Ready-to-Use Panels или Community Panels в DesignStudio в качестве отправной точки для дальнейшей настройки.

Пользовательские панели могут быть спроектированы для стандартной ДНК, ткани FFPE, и типов образцов без клеточной ДНК (cfDNA). Для пула может быть использовано до 3 072 ампликонов с общим максимумом 12 288 ампликонов для всей панели.

AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel

Биоинформатика

После завершения анализа на приборе BaseSpace Sequence Hub и Local Run Manager осуществляют поиск вариантов и определяют профили экспрессии для ампликонных панелей.

BaseSpace Sequence Hub

BaseSpace Sequence Hub позволяет настраивать и контролировать работу приборов в режиме реального времени, а также анализировать полученные с них данные, используя специальный набор приложений для анализа.

• Данные секвенирования сразу отправляются из прибора в Облако
• Данные преобразуются в стандартный формат
• Экономически выгоднее, чем установка специального отдельного оборудования

Local Run Manager

Встроенное решение для запуска секвенирования, мониторинга состояния его выполнения, анализа данных и просмотра его результатов.

• Автоматически выполняет анализ данных на приборе
• С дополнительными программными модулями может осуществлять анализ для разных типов библиотек 

Затем, Basespace Variant Interpreter и BaseSpace Correlation Engine могут добавить биологический контекст к Вашим результатам и создать отчёты.

Basespace Variant Interpreter

Быстрое определение биологически значимых вариантов геномных данных человека.

• Позволяет составлять более подробные отчёты на основе как Ваших, так и собранных из широкого числа источников. данных 
• Анализирует варианты из всех типов материала и методов - от полногеномного до таргетного секвенирования
• Ускоряет интерпретацию вариантов благодаря более чем 60 000 настроенным вручную ассоциациям  

BaseSpace Correlation Engine

Обнаружение в имеющейся базе генов, экспериментов, лекарств и фенотипов, связанных с генами.

• Определяет механизмы заболеваний, мишени лекарственных средств, маркеры для диагностики и терапии
  
• Демонстрирует в различных исследованиях возможные пути развития заболеваний
  
• Анализирует фармокинетику и профили токсичности молекул-кандидатов
  

Демо-версии биоинформатических решений для Ampliseq

От ДНК/РНК к результатам
Управление данными и их хранение с помощью BaseSpace Sequence Hub

Оценка качества данных NGS
Управление данными с помощью Local Run Manager

Анализ вариантов
Импортируйте данные в BaseSpace Variant Interpreter и создайте отчёт

Видеоссылки