Illumina Stranded mRNA PrepВЕРНУТЬСЯ НАЗАД

Illumina Stranded mRNA Prep

Простое, универсальное, экономичное, быстрое решение для анализа кодирующего транскриптома за один день с использованием всего лишь 25 нг стандартной (не деградированной) РНК.

Illumina Stranded mRNA Prep предлагает оптимизированное решение RNA-Seq для точного и всестороннего анализа транскриптома. Набор подходит для различных типов образцов и поддерживает низкое количество стартового материала, вплоть до 25 нг РНК. Illumina Stranded mRNA Prep позволяет точно определять ориентацию оригинальной цепи, обеспечивает равномерное покрытие и достоверно обнаруживает такие признаки, как новые изоформы, фьюжены генов и аллель-специфическую экспрессию.

Исключительная производительность

Illumina Stranded mRNA Prep эффективно обеспечивает  захват polyА и равномерность покрытия. Это минимизирует требуемую глубину секвенирования для точного обнаружения кодирующего транскриптома. Illumina Stranded mRNA Prep основан на технологии лигирования TruSeq, на которую ссылались в более чем 9 926 публикациях с 2011 года.


Универсальность для различных исследований

Illumina Stranded total RNA Prep может работать с разным количеством стартового материала РНК: от 25 нг до 1000 нг (не совместим с образцами FFPE).

Точное определение ориентации цепи

Эта информация позволяет обнаруживать антисмысловую транскрипцию, улучшает аннотацию транскрипта и повышает эффективность выравнивания.

Быстрый, удобный для автоматизации рабочий процесс

Подготовка библиотек для секвенирования занимает менее 7 часов. Методы автоматизации, разработанные партнёрами и признанные компанией Illumina, станут доступны в ближайшее время.

Универсальное секвенирование

Мультиплексирование до 384 образцов и секвенирование за один запуск. (Индексные наборы A и B уже доступны; наборы C и D скоро появятся).

Возможности RNA-Seq

RNA-Seq становится все более популярным, предоставляя подробный вид транскриптома в данный момент времени. Он предлагает многочисленные преимущества по сравнению с количественной ПЦР, в том числе:

  • Экспериментальный дизайн без гипотез, не требующий предварительного знания транскриптома
  • Больше возможностей для обнаружения известных и новых транскриптов
  • Более высокая производительность для количественной оценки от сотен до тысяч участков в каждом анализе
  • Более широкий динамический диапазон, обеспечивающий более точное измерение экспрессии генов
  • Больше данных для анализа, предоставляющих полную информацию о последовательности и вариантах

Спецификации

Время анализа
6,5 часов
Время ручной работы
< 3 часов
Тип нуклеиновой кислоты  РНК
Количество стартового материала 25-1000 нг РНК стандартного качества
Особенности содержимого Захватывает кодирующий транскриптом с информацией о цепи
Описание
Простое, экономически эффективное решение для анализа кодирующего транскриптома с точной информацией о цепи
Мультиплексирование До 384 уникальных двойных индексов (UDI)
Механизм действия Захват PolyA, добавление адаптеров и индексов на основе лигирования
Для исследования каких видов подходит
Мышь, Человек, Крыса, Млекопитающее, КРС
Виды. Примечание Работает с высококачественной РНК любых видов с polyА хвостами
Метод Секвенирование mRNA
Класс вариантов
Фьюжены генов, новые транскрипты, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), варианты транскриптов
Совместимость Набор совместим со всеми системами секвенирования Illumina, и тщательно проверен на системах NextSeq 500/550 и NovaSeq 6000
Для работы с какими платформами подходит HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, NextSeq 2000, NextSeq 500, NextSeq 550, NovaSeq 6000
 Особые типы образцов низкое количество материала образца, не подходит для работы с FFPE
Стренд-специфичность набора
Специфичен
Технология Секвенирование 
Возможность автоматизации Автоматические станции пипетирования

Рекомендации по проекту

Секвенатор
Рекомендуемое количество образцов Длина прочтения
NextSeq 550 Mid output: 5
High output: 16
(из расчета 25 миллионов прочтений на образец)
2 х 75 п.о.  
NextSeq 2000 P2: 16
P3: 40
(из расчета 25 миллионов прочтений на образец)
2 х 75 п.о.
NovaSeq 6000  SP: 32
S1: 64
S2: 164
S4: 384
(из расчета 25 миллионов прочтений на образец)
2 х 75 п.о.

Сравнение с другими наборами


Illumina Stranded mRNA Prep  Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
Illumina RNA Prep with Enrichment  TruSeq Stranded mRNA
TruSeq RNA Library Prep Kit v2
Время анализа
6,5 часов ~7 часов
< 9 часов  ~10,5 часов     11,5 часов
Возможность автоматизации
Автоматические станции пипетирования  Автоматические станции пипетирования
Автоматические станции пипетирования  Автоматические станции пипетирования
Автоматические станции пипетирования
Особенности содержимого
Захватывает кодирующий транскриптом с информацией о нитях  Захватывает кодирующую РНК плюс несколько форм некодирующей РНК
Захватывает кодирующий транскриптом при использовании с Illumina Exome Panel  Захватывает кодирующий транскриптом с информацией о цепи
Захватывает кодирующий транскриптом (без информации о цепи) 
Описание Простое, экономически эффективное решение для анализа кодирующего транскриптома с точной информацией о цепи
Для секвенирования полного транскриптома нескольких типов образцов. Включает в себя модуль Ribo-Zero plus для удаления излишних транскриптов у нескольких видов
Экономичное решение для обнаружения таргетных транскриптов из широкого спектра типов образцов, включая ткани FFPE и другие образцы низкого качества.  Предоставляет исследователям четкое и полное представление о кодирующем транскриптоме с точной информацией о цепи.
Простое, экономически эффективное исследовательское решение для анализа кодирующего транскриптома.
Время ручной работы
< 3 часов  < 3 часов < 2 часов  ~4,5 часа  ~4,5 часа 
Количество стартового материала  25-1000 нг РНК стандартного качества  1-1000 нг РНК для образцов стандартного качества. Рекомендуется минимум 10 нг РНК для оптимального результата и образцов FFPE  10 нг РНК из свежих/замороженных образцов или 20 нг РНК из образцов FFPE 0,1-1 мкг РНК или 10-100 нг ранее выделенной мРНК (из видов с polyA хвостами) 
0,1-1 мкг РНК или 10-400 нг ранее выделенной мРНК (из видов с polyA хвостами)  
Механизм действия     Захват PolyA, добавление адаптеров и индексов на основе лигирования
Ферментативное  удаление рРНК, добавление адаптеров и индексов на основе лигирования
Bead-linked transposome  Захват polyA хвостов посредством Oligo-dT на основе шариков
Захват polyA хвостов посредством Oligo-dT на основе шариков    
Мультиплексирование До 384 уникальных двойных индексов (UDI)  До 384 уникальных двойных индексов (UDI)  До 384 уникальных двойных индексов (UDI)  1-96 До 24 на дорожку
Стренд-специфичность набора
Специфичен      Специфичен
Не специфичен      Специфичен        Не специфичен     
Класс вариантов
Фьюжены генов, новые транскрипты, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), варианты транскриптов
Фьюжены генов, новые транскрипты, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), варианты транскриптов
Фьюжены генов, новые транскрипты, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), варианты транскриптов     Фьюжены генов, новые транскрипты, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), варианты транскриптов      Фьюжены генов, новые транскрипты, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), варианты транскриптов    
Технология  Секвенирование  Секвенирование  Секвенирование  Секвенирование   Секвенирование  

Вспомогательные данные и цифры

Сравнение показателей эффективности

Слева: показатели эффективности для Illumina Stranded mRNA Prep. Справа: Illumina Stranded mRNA Prep сравнивали с TruSeq Stranded mRNA. Illumina Stranded mRNA Prep показал превосходящую эффективность, особенно при вводе 25 нг универсальной человеческой эталонной РНК. Библиотеки имели до 30 млн. прочтений на образец и были проанализированы с помощью приложения BaseSpace RNA-Seq Alignment v2.0.1. Дупликаты выявляются на подвыборке из 4 млн парных ридов, прошедших фильтр.


Точное обнаружение гена при малом количестве стартового материала


Illumina Stranded mRNA Prep обеспечивает точное обнаружение генов при малом количестве РНК по сравнению с TruSeq Stranded mRNA. Количество обнаруженных генов регистрируется при 30 млн. парно-концевых чтений на образец при прохождении фильтров PF. Детектирование большего числа генов при 1х покрытии в случае применения Illumina Stranded mRNA Prep является индикатором большей чувствительности данного набора.

Высокое соответствие с Legacy Kit

Illumina Stranded mRNA Prep обеспечивает высоко согласованные данные с TruSeq Stranded mRNA при (A) одинаковом количестве стартового материала - 100 нг универсальной человеческой эталонной РНК и (B) с меньшим количеством стартового материала - 25 нг в сравнении с 100 нг универсальной человеческой эталонной РНК.


Высокая согласованность данных

Illumina Stranded mRNA Prep обеспечивает высокую согласованность данных между (A) техническими репликами 25 нг универсальной человеческой эталонной РНК и (B) между образцами универсальной человеческой эталонной РНК со стартовым количеством в 25 нг и 100 нг . Библиотеки секвенировали в режиме 2 × 74 п.о., при 30 млн. прочтений на образец. Анализ данных проводился с использованием приложения BaseSpace RNA-Seq Alignment v2.0.1.


Рабочий процесс Illumina Stranded mRNA Prep Workflow

Illumina Stranded mRNA Prep обеспечивает быстрый рабочий процесс с уменьшенным временем работы руками. Время может варьироваться в зависимости от используемого оборудования, количества обрабатываемых образцов, процедур автоматизации или опыта пользователя.


Пример рабочего процесса для конкретного метода
Подготовка
библиотек для:
Секвенирование на:
Анализ данных с помощью:

Документы для скачивания