TruSight Oncology UMI ReagentsВЕРНУТЬСЯ НАЗАД

TruSight Oncology UMI Reagents

Коррекция ошибок благодаря использованию уникальных молекулярных идентификаторов (UMI) для подготовки библиотек для секвенирования следующего поколения.

Циркулирующая опухолевая ДНК (ctDNA) может составлять очень маленькую фракцию свободной циркулирующей ДНК (cfDNA), уровни которой находятся около предела детекции метода NGS.

Набор реагентов TruSight Oncology UMI Reagents включает уникальные молекулярные идентификаторы (UMI), которые в тандеме с программным обеспечением UMI Error Correction App позволяют корректировать ошибки ПЦР и секвенирования и достоверно детектировать редкие мутации. Благодаря такому решению частота ошибок не превышает 0.007%.

Для протокола требуется 30 нг cfDNA в диапазоне 75–250 bp.

Ниже указаны католожные позиции, которые позволят приготовить cfDNA-библиотеки с использованием зондов TruSight Tumor 170 и отсеквенировать их на одной из высокопроизводительных систем Illumina:

  • TruSight cfDNA UMI for HiSeq 2500 (48 Samples) - реагенты для пробоподготовки и секвенирования 48 образцов на HiSeq 2500

  • TruSight cfDNA UMI for HiSeq 4000 (48 Samples) - реагенты для пробоподготовки и секвенирования 48 образцов на HiSeq 4000

  • TruSight cfDNA UMI for NovaSeq S2 (48 Samples) - реагенты для пробоподготовки и секвенирования 48 образцов на NovaSeq с ячейкой S2

  • TruSight Oncology UMI Reagents (16 indexes, 48 samples) - набор включает все реагенты для пробоподготовки кроме зондов для обогащения.

  • TruSight® Tumor 170 Content Set - зонды для обогащения (РНК* и ДНК)

* протокол TruSight Oncology UMI Reagents валидирован только для ДНК.

Спецификации

Время анализа
1,5 дня
Время ручного труда
5 часов
Количество стартового материала 30 нг cfDNA
Для работы с какими платформами подходит HiSeq 2500, HiSeq 4000, NovaSeq 6000
Тип нуклеиновой кислоты ДНК
Специализированные типы образцов cfDNA
Метод Targeted DNA Sequencing
Для исследования каких видов подходит Человек
 Тип рака Pan-Cancer
Технология Секвенирование 

Снижение частоты ошибок с UMI

Количество запусков
Средняя частота ошибок (Uncollapsed Reads) Средняя частота ошибок (Collapsed Reads) 
1
0.038% 0.0023%
2 0.043%
0.0024%
3 0.035%
0.0024%
4 0.084%
0.0019%

Подготовка библиотеки проводилась с использованием реагентов TruSight Oncology UMI в сочетании с содержанием ДНК из панели TruSight Tumor 170 DNA, и 31 образец был распределен между четырьмя независимыми запусками на системе HiSeq 4000.


Пример рабочего процесса для конкретного метода
Подготовка
библиотек с помощью:
Targeted Cancer Sequencing
Секвенирование на:
HiSeq 2500 System
HiSeq 4000 System
NovaSeq 6000 System
Анализ данных с помощью:
BaseSpace Sequence Hub UMI Error Correction App in BaseSpace Sequence Hub
Local UMI Error Correction App