TruSight Oncology 500 High-ThroughputВЕРНУТЬСЯ НАЗАД

TruSight Oncology 500 High-Throughput

Набор для комплексного геномного профилирования из образцов FFPE, позволяющий загрузить до 192 образцов на проточную ячейку.

TruSight Oncology 500 High-Throughput основан на наборе TruSIght Oncology 500, но имеет большую пропускную способность и  различные варианты комплектации.


Объединённый анализ

  • Экономия времени, денег и образцов благодаря объединению нескольких тестов. Эта панель позволяет проанализировать 523 гена и оценить ключевые биомаркеры, присутствующие в гайдлайнах и клинических испытаниях, а также MSI и TMB как в ДНК, так и в РНК*.

Высокая пропускная способность

  • Возможно запускать от 16 до 192 образцов на каждой проточной ячейке на NovaSeq 6000.

С акцентом на будущее

  • Панель содержит как известные, так и новые биомаркеры для исследований в области онкологии.

Надежные результаты

  • TruSight Oncology 500 соответствуют строгим аналитическим характеристикам производительности и обеспечивает надежные, воспроизводимые результаты.

  • Внутрилабораторное решение, дающее множество преимуществ Имеется возможность предлагать комплексные услуги по геномному профилированию местному онкологическому сообществу локально,не отдаваяценные образцы и данные в сторонние организации.

* Основано на базе клинических знаний PierianDx, по состоянию на март 2020 г.

Спецификации

Количество генов 523 гена для ДНК, 55 генов для РНК 
Время анализа
4-5 дней от образца до результата
Время работы руками
~ 10,5 часов
Тип нуклеиновой кислоты  РНК, ДНК
Пропускная способность 16-192 образцов на проточную ячейку
Аналитическая специфичность    99,9998% (при обнаружении SNV)       
Аналитическая чувствительность > 96% 
Количество стартового материала 40 нг ДНК, 40 нг РНК
Особенности содержимого Таргетные участки ДНК из 523 генов, представляющих интерес, и РНК из 55 генов, при общем размере панели 1,94 Mb.
• Охват гайдлайнов: широкий охват ключевых гайдлайнов по множественным типам солидных опухолей.
• Охват клинических испытаний: более 1000 клинических испытаний.
• Охват иммуно-онкологических биомаркеров: охват биомаркеров MSI, а также появляющихся биомаркеров TMB, POLE1 и POLD1.
Мультиплексирование 192 индекса IDT for illumina Nextera DNA UD (ДНК и РНК) 
Механизм действия Рабочий процесс, основанный на гибридном захвате ДНК и РНК  
Для исследования каких видов подходит
Человек
Тип рака Пан-раковый анализ
Метод Таргетное обогащение, Таргетное ДНК секвенирование, Таргетное РНК секвенирование
Класс вариантов Варианты числа копий (CNV), фьюжены генов, инсерции и делеции (инделы), однонуклеотидные варианты (SNV), варианты транскриптов
Для работы с какими платформами подходит NovaSeq 6000
 Особые типы образцов ткани FFPE
Технология Секвенирование 
Возможность автоматизации Автоматические станции пипетирования

Серия TruSight Oncology 500

Продукты серии TruSight Oncology 500 позволяют проводить комплексное геномное профилирование (CGP) на основе биопсии крови и тканей, взятой в домашних условиях. Все три набора в серии предназначены для определения ключевых биомаркеров в гайдлайнах и клинических испытаниях.    

TruSight Oncology 500

TruSight Oncology 500 Assay

Оценка ключевых биомаркеров рака из опухолевой ткани FFPE.

TruSight Oncology 500 High-Throughput

TruSight Oncology 500 High-Throughput Assay

До 192 образцов одновременно, используя те же биомаркеры и тип ткани, что и TruSight Oncology 500.

TruSight Oncology 500 ctDNA

TruSight Oncology 500 ctDNA Assay

Анализ свободноциркулирующей опухолевой ДНК из плазмы.

Преимущества серии продуктов TruSight Oncology 500

Детальное геномное профилирование

Детальное геномное профилирование

Оценка всех ключевых биомаркеров в гайдлайнах, а также в клинических испытаниях, увеличивает шансы найти положительный биомаркер для каждого образца. Включая все ключевые варианты генома, а также иммуно-онкологические биомаркеры MSI и TMB, панели позволяют лаборатории объединить несколько независимых анализов и рабочих процессов в один, одновременно экономя образцы, время и деньги.

Самостоятельное выполнение анализа

Самостоятельное выполнение анализа

Самостоятельное выполнение анализа позволяет держать образцы и данные под контролем. Благодаря содержанию, включающему в себя как новые, так и уже известные биомаркеры, а также благодаря исследованиям IVD центров в сотрудничестве с несколькими фармацевтическими компаниями, эти анализы предназначены для того, чтобы служить в лаборатории ключевым инструментарием в течение длительного времени.

Интегрированный универсальный и адаптируемый рабочий процесс

Интегрированный, универсальный и адаптируемый рабочий процесс

Оценка всех биомаркеров в едином интегрированном 4-5-дневном рабочем процессе, включающем решения для анализа данных вплоть до полного окончательного отчета и интерпретации. Возможность комплексного геномного профилирования на основе образцов твердой или жидкой биопсии при различных количествах образцов.

Надежные результаты

Надежные результаты

Аналитическая специфичность - 99,999% и аналитическая чувствительность > 95% благодаря надежной химии гибридного захвата, секвенированию методом SBS и тщательно продуманной биоинформатике.

Сравнение наборов

  TruSight Oncology 500  TruSight Oncology 500 High-Throughput  TruSight Oncology 500 ctDNA
Тип образцов  FFPE (ДНК и РНК)     FFPE (ДНК и РНК)  Плазма ( сцДНК)   
Количество генов 523 гена, относящихся к раку, из ДНК – для анализа SNV, инсерций и делеций (indels); 55 генов из РНК – для анализа фьюженов и вариантов сплайсинга 
523 гена, относящихся к раку, из ДНК – для анализа SNV, инсерций и делеций (indels); 55 генов из РНК – для анализа фьюженов и вариантов сплайсинга 523 гена, относящихся к раку, из ДНК - для анализа SNV, инсерций и делеций (indels)      
Гены, позволяющие обнаружить CNV      59 генов     59 генов     59 генов    
Фьюжены  55 генов  55 генов   23 гена 
Локусы MSI  130 локусов  130 локусов   76 локусов  
Покрытие секвенирования  3500х  3500х 
35000х  
Размер панели  1.94 Mb ДНК
358 kb РНК
1.94 Mb ДНК
358 kb РНК 
1.94 Mb ДНК
Для работы с какими платформами подходит
NextSeq 550Dx (в исследовательском режиме)
NextSeq 500/550
NovaSeq 6000  NovaSeq 6000 
Производительность
NextSeq - 8 образцов
NovaSeq SP - 16 образцов
NovaSeq S1 - 32 образцов
NovaSeq S2 - 72 образца
NovaSeq S4 - 192 образца
NovaSeq S2 - 8 образцов
NovaSeq S4 - 24 образца
Возможность индексирования 16 индексов UD TruSight (ДНК и РНК)
192 индекса IDT for illumina Nextera DNA UD (ДНК и РНК)  16 индексов UD TruSight (ДНК) 
Количество стартового материала 40 нг ДНК
40 нг РНК
40 нг ДНК
40-80 нг РНК 
30 нг сцДНК
Специфичность ((при обнаружении SNV) 99.9998%
99.9998%  99.9995% 
Чувствительность
>96%
>96%  >95% 


Высокий уровень сходства между измерениями TMB между TruSight Oncology 500 и TruSight Oncology 500 High Throughput 1
Вспомогательные данные и количественные показатели 
Высокая согласованность между измерениями TMB при использовании TruSight Oncology 500 и при секвенировании полного экзома
Подробнее
Высокий уровень сходства между измерениями MSI между TruSight Oncology 500 и TruSight Oncology 500 High Throughput 1
Вспомогательные данные и количественные показатели
Высокая согласованность между измерениями MSI при использовании TruSight Oncology 500 и TruSight Oncology 500 High-Throughput
Подробнее
Высокий уровень сходства между измерениями CNV между TruSight Oncology 500 и TruSight Oncology 500 High Throughput 1
Вспомогательные данные и количественные показатели
Высокая согласованность между измерениями CNV при использовании TruSight Oncology 500 и TruSight Oncology 500 High-Throughput
Подробнее
Высокий уровень сходства между измерениями VAF между TruSight Oncology 500 и TruSight Oncology 500 High Throughput 1
Вспомогательные данные и количественные показатели
Высокая согласованность между измерениями VAF при использовании TruSight Oncology 500 и TruSight Oncology 500 High-Throughput
Подробнее
Фьюжены и варианты сплайсинга TruSight Oncology 500 High-Throughput.jpg
Вспомогательные данные и количественные показатели
Фьюжены и варианты сплайсинга, обнаруженные с помощью TruSight Oncology 500 на системе NextSeq 500. Числовые значения представляют количество прочтений для каждого образца при указанном количестве РНК. Предельное значение для фьюженов РНК = 5; предельное значение для вариантов сплайсинга = 10.
Подробнее
Соответствие содержания TruSight Oncology 500 с основными рекомендациями по типу рака
Вспомогательные данные и количественные показатели
Соответствие содержания TruSight Oncology 500 основным рекомендациям по типу рака
Подробнее
Геномные профилирующие биомаркеры опухолей при множественных типах рака
Вспомогательные данные и количественные показатели
TruSight Oncology 500 и TruSight Oncology 500 High-Throughput включает ключевые биомаркеры для различных типов рака, а также текущие и возникающие панкраковые биомаркеры, такие как TMB, MSI, NTRK1, NTRK2 и NTRK3.
Подробнее

Пример рабочего процесса для конкретного метода
Подготовка
библиотек для:
TruSight Oncology 500 DNA High-Throughput Assay
Секвенирование на:
Анализ данных с помощью:
Call Variants
TruSight Oncology 500 Local App: Docker-based Software
Interpret & Report
PierianDx Clinical Genomics Workspace Software