TruSight Myeloid Sequencing Panel

Этот набор нацелен на варианты, связанные с миелоидными злокачественными новообразованиями, такими как AML, MDS, MPN, CML, CMML и JMML.

Содержание панели было разработано консорциумом признанных экспертов по заболеваниям рака крови и предназначено для изучения генов, связанных со следующими заболеваниями:

  • Острый миелоидный лейкоз (ОМЛ)

  • Миелодиспластический синдром (МДС)

  • Миелопролиферативные новообразования (МПН)

  • Хронический миелогенный лейкоз (ХМЛ)

  • Хронический миеломоноцитарный лейкоз (CMML)

  • Ювенильный миеломоноцитарный лейкоз (JMML)


TruSight Myeloid Sequencing Panel охватывает 15 основных генов (только экзоны) и 39 дополнительных генов (онкогенные хотспоты), обеспечивая всестороннюю оценку ключевых генов, которые участвуют в миелоидных злокачественных новообразованиях. Данный набор представляет собой точное и экономически эффективное решение, которое позволяет исследователям профилировать гемобластозы.

Библиотеки TruSight Myeloid идеально подходят для запусков на настольных секвенаторах для выполнения выравнивания и определения вариантов с помощью рабочего процесса MiSeq Reporter или Local Run Manager Amplicon с Somatic Variant Caller. Фильтрация и аннотация могут быть выполнены с использованием BaseSpace Variant Interpreter.

Спецификации

Время анализа  8 часов 
Время непосредственно ручной работы  3 часа 
Количество стартового материала 50 нг
Описание Для изучения соматических мутаций при миелоидных злокачественных новообразованиях
Особенности содержимого Нацелено на 54 гена, связанных с миелоидными злокачественными новообразованиями. Зонды амплифицируют 568 ампликонов из генов-супрессоров опухолей и мутационных хотспотов
 Мультиплексирование До 96-plex
Для работы с какими платформами подходит MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx (в исследовательском режиме), NextSeq 500
Класс вариантов инделы (вставки-делеции), соматические варианты
Тип нуклеиновой кислоты ДНК
Специализированные типы образцов Несовместимые с FFPE
Метод Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование
Для исследования каких видов подходит Человек
Тип рака  Гематологический 
Технология Секвенирование

Рекомендации по проекту

Секвенатор
Рекомендуемое количество образцов Длина прочтения
MiniSeq
Образцов за запуск: mid output: 2-3, high output: 8 (на основе  > 500-кратного покрытия 95% ампликонов)
до 2 х 150 п.о.
MiSeq 
8 образцов за запуск - реагенты v3 (на основе  > 500-кратного покрытия 95% ампликонов)
до 2 х 150 п.о.
NextSeq 550               Образцов за запуск: mid output 48, high output: 96 (на основе  > 500-кратного покрытия 95% ампликонов)
до 2 х 150 п.о.

Сравнение наборов

       TruSight Myeloid Sequencing Panel
AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel
AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2
Время анализа  8 часов  5.5 – 7.5 часов (время включает в себя только подготовку библиотеки и не включает в себя определения качества библиотеки, нормализацию или пулирование)
5 часов (время включает в себя только подготовку библиотеки и не включает в себя определения качества библиотеки, нормализацию или пулирование)
Время непосредственной работы руками  3 часа <1,5 часов <1,5 часов
Тип рака  гематологический  гематологический  Pan-Cancer, Солидные Опухоли
Особенности содержимого
Нацелено на 54 гена, связанных с миелоидными злокачественными новообразованиями. Зонды амплифицируют 568 ампликонов из генов-супрессоров опухолей и мутационных хотспотов
Нацеленность на биомаркеры по 69 генам (40 ключевых генов-мишеней ДНК, 29 генов-драйверов фьюженов РНК и уровни экспрессии 5 генов)
хотспоты 50 генов с известными ассоциациями с раком
Количество стартового материала 50 нг
20 нг ДНК высокого качества, 10 нг РНК высокого качества (рекомендуется 10 нг на пул)
1–100 нг (рекомендуется 10 нг на пул)
Описание Для изучения соматических мутаций при миелоидных злокачественных новообразованиях
Таргетная панель для изучения 40 генов ДНК, 29 генов-драйверов фьюженов РНК и уровни экспрессии 5 генов)
Соматический анализ участков хотспотов 50 генов, связанных с раком.
Мультиплексирование До 96-плекс
До 96-плекс
96 dual index combinations
Для исследования каких видов подходит
Человек
Человек Человек
Метод Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование
    Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование, Таргетное РНК Секвенирование 
Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование
Тип нуклеиновой кислоты  ДНК  ДНК, РНК ДНК
 Специальные типы образцов Несовместимые с FFPE
Кровь, Костный мозг
Кровь, ткани FFPE


Пример рабочего процесса для конкретного метода
Подготовка
библиотек с помощью:
Секвенирование на:
MiniSeq System
MiSeq System
NextSeq 550 System
Анализ данных с помощью: