Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero PlusВЕРНУТЬСЯ НАЗАД

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus

Быстрая подготовка библиотеки из различных типов образцов для изучения кодирующего и некодирующего транскриптома с широкими возможностями для исследования.

Набор Illumina Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus эффективен для анализа кодирующей и различных форм некодирующей РНК. Набор обеспечивает надежное обнаружение альтернативных транскриптов, фьюженов генов и аллель-специфической экспрессии.

Исключительная производительность

Набор Illumina Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus основан на технологии лигирования TruSeq, которая упоминается в более чем 9 926 публикациях с 2011 года. Этот метод лигирования обеспечивает высокую однородность покрытия, точную информацию о цепи, а также надежную подготовку библиотеки даже из деградированних образцов.


Универсальность для различных исследований

Для использования Illumina Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus необходимо от 1 нг до 1000 нг* исходного материала РНК. Он совместим с различными типами образцов, включая FFPE и другими образцами низкого качества. Включенный Ribo-Zero Plus удаляет избыточную РНК у множества видов, включая образцы человека, мыши, крысы, бактерий и эпидемиологических образцов.

Быстрый и удобный для автоматизации рабочий процесс

На подготовку библиотеки понадобится всего 7 часов. Методы автоматизации, разработанные партнёрами и признанные компанией Illumina, станут доступны в ближайшее время.

Масштабное секвенирование

Набор позволяет мультиплексировать до 384 образцов и секвенировать их за один запуск. (Наборы индексов A и B уже доступны; наборы C и D скоро появятся) Количество образцов, секвенируемое за запуск, зависит от производительности секвенатора.

*Этот диапазон указан для высококачественной РНК. Рекомендуется использовать 10 нг для получения наилучших результатов, а также при работе с FFPE или деградированными образцами.

Спецификации

Время анализа
~7 часов
Время ручной работы
< 3 часов
Тип нуклеиновой кислоты  РНК
Количество стартового материала 1-1000 нг РНК для образцов стандартного качества. Рекомендуется минимум 10 нг РНК для оптимального результата и образцов FFPE
Особенности содержимого Захватывает кодирующую РНК и различные формы некодирующей РНК
Описание
Для секвенирования полного транскриптома нескольких типов образцов. Включает в себя модуль Ribo-Zero plus для удаления излишних транскриптов нескольких видов
Мультиплексирование До 384 уникальных двойных индексов (UDI)
Механизм действия Ферментативное удаление рРНК, добавление адаптеров и индексов на основе лигирования
Для исследования каких видов подходит
Человек, Мышь, Вирус, Крыса, Бактерии
Виды. Примечание Ribo-Zero Plus включен для удаления избыточных транскриптов разных видов, включая: цитоплазматическую и митохондриальную рРНК человека, рРНК мыши, рРНК крысы, рРНК грамположительных и грамотрицательных бактерий, транскрипты бета-глобина человека
Метод Секвенирование полного транскриптома
Класс вариантов Фьюжены генов, новые транскрипты, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), варианты транскриптов
Совместимость Набор совместим со всеми системами секвенирования Illumina, и тщательно проверен на системах NextSeq 500/550 и NovaSeq 6000
Для работы с какими платформами подходит HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, NextSeq 2000, NextSeq 500, NextSeq 550, NovaSeq 6000
 Особые типы образцов ткани FFPE, низкое количество материала образца
Стренд-специфичность набора     Специфичен    
Технология Секвенирование 
Возможность автоматизации Автоматические станции пипетирования

Рекомендации по проекту

Секвенатор
Рекомендуемое количество образцов Длина прочтения
NextSeq 550 Mid output: 2
High output: 8
(из расчета 50 миллионов прочтений на образец)
2 х 75 п.о.  
NextSeq 2000 Анализ полного транскриптома:
8 (P2) -50 (P3) образцов за запуск (из расчета 50 миллионов прочтений на образец)
2 х 75 п.о.
NovaSeq 6000  Анализ полного транскриптома:
SP: 16
S1: 32
S2: 82
S4: 384
образцов за запуск (из расчета 50 миллионов прочтений на образец)
2 х 75 п.о.

Сравнение с другими наборами


Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
TruSeq Stranded Total RNA TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin
Время анализа
~7 часов
     11,5 часов
Возможность автоматизации
Автоматические станции пипетирования
Автоматические станции пипетирования
Автоматические станции пипетирования
Особенности содержимого
Захватывает кодирующую РНК и различные формы некодирующей РНК
Захватывает кодирующую РНК и различные формы некодирующей РНК
Захватывает кодирующую РНК и различные формы некодирующей РНК
Описание Для секвенирования полного транскриптома нескольких типов образцов. Включает в себя модуль Ribo-Zero plus для удаления избыточных транскриптов нескольких видов
Для секвенирования полного транскриптома. Версия Total RNA удаляет цитоплазматическую рРНК, а версия Total RNA Gold удаляет цитоплазматическую и митохондриальную рРНК. Для секвенирования полного транскриптома из выделенной из крови РНК. истощает цитоплазматическую и митохондриальную рРНК плюс мРНК глобина.
Время ручной работы
< 3 часов   5,5 часов
Механизм действия     Ферментативное удаление рРНК, добавление адаптеров и индексов на основе лигирования     Удаление рРНК с помощью микрогранул, синтез кДНК и ПЦР 
Истощение рРНК на основе шариков, синтез кДНК и ПЦР     
Метод  Секвенирование полного транскриптома  Секвенирование полного транскриптома  Секвенирование полного транскриптома 
Мультиплексирование До 384 уникальных двойных индексов (UDI)  Наборы с низкой производительностью: пул до 12 образцов. Или пул до 24 образцов с комплектами A и B вместе;
Наборы с высокой производительностью: подготовьте 96 индексированных образцов, используя либо комбинаторные двойные индексы, либо уникальные двойные индексы (скоро станут доступны) 
Наборы с низкой производительностью: пул до 12 образцов. Или пул до 24 образцов с комплектами A и B вместе;
Наборы с высокой производительностью: подготовьте 96 индексированных образцов, используя либо комбинаторные двойные индексы, либо уникальные двойные индексы (скоро станут доступны)  
Для исследования каких видов подходит
Человек, Мышь, Вирус, Крыса, Бактерии
Человек, Мышь, Крыса   Человек, Мышь, Крыса  
Технология  Секвенирование  Секвенирование   Секвенирование  

Вспомогательные данные и цифры

Удаление рРНК у разных видов с набором Illumina Stranded Total RNA Prep с Ribo-Zero Plus

Сверху - Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus эффективно удаляет рРНК человека, мыши, крысы и бактерий в одной пробирке. Результаты сравнимы с TruSeq Stranded Total RNA в паре с Ribo-Zero Gold для видов млекопитающих и Ribo-Zero Bacteria для E.coli (данные B. subtilis не показаны). Снизу - истощение мРНК глобина из лейкоцитов периферической крови человека с помощью Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus


Виды РНК, подвергаемые удалению


Высокая равномерность покрытия

Illumina Stranded Total RNA Prep обеспечивает высокую равномерность покрытия для (A) высококачественной и синтетически деградированной универсальной человеческой эталонной РНК (RIN = 2) и (B) РНК из FFPE при 100 нг и 10 нг стартового материала. Образец FFPE имел показатель качества DV200 55%. Все библиотеки были секвенированы на системе NovaSeq 6000 с 50 млн. прочтений. Анализ данных проводился с использованием приложения BaseSpace RNA-Seq Alignment v2.0.1.


Сравнение показателей эффективности

Сверху - Сравнение Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus с TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero. Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus был более эффективен, особенно при низком количестве материала - 10 нг и 1 нг универсальной человеческой эталонной РНК. Библиотеки были секвенированы в системе NextSeq 550 при 30 млн. прочтений на образец. Процент дубликатов рассчитывался на подвыборке из 4 млн. прочтений на образец и анализировался с помощью приложения BaseSpace RNA-Seq Alignment App v2.0. Снизу - показатели производительности для Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus.


Высокая согласованность данных

Illumina Stranded Total RNA Prep обеспечивает высокую согласованность данных между (A) 1 нг и 100 нг стартового материала универсальной человеческой эталонной РНК и (B) техническими репликами 10 нг РНК из FFPE. Библиотеки секвенировали на системе NovaSeq 6000 при 2 × 74 п.о. Анализ данных проводился с использованием приложения BaseSpace RNA-Seq Alignment v2.0.1..


Рабочий процесс Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus

Illumina Stranded Total RNA Prep обеспечивает быстрый рабочий процесс с сокращенным временем работы руками. Время может варьироваться в зависимости от используемого оборудования, количества обрабатываемых образцов, процедур автоматизации или опыта пользователя.



Пример рабочего процесса для конкретного метода
Подготовка
библиотек для:
Секвенирование на:
Анализ данных с помощью:

Документы для скачивания