Nextera Flex for EnrichmentВЕРНУТЬСЯ НАЗАД
Nextera Flex for Enrichment
Быстрый рабочий процесс для целого комплекса применений, обеспечивающий таргетное ресеквенирование для пользовательских и готовых панелей, обогащение полного экзома.
Nextera Flex for Enrichment - это самое быстрое и универсальное решение для таргетного секвенирования ДНК среди всех наборов для пробоподготовки от Illumina:
-
На 85% быстрее, чем стандартная подготовка библиотек и обогащение от Illumina
-
Интегрированные протоколы выделения ДНК для крови и слюны
-
Эффективная химия пробоподготовки на основе микрошариков для получения надежных результатов
Быстрая пробоподготовка для работы с обогащением
Работа с Nextera Flex for Enrichment быстрая и удобная. Химия сочетает тагментацию на шариках с упрощенным протоколом всего одной гибридизации, позволяя сократить общее время рабочего процесса до ~ 6,5 часов. От ввода и извлечения ДНК до нормализации, обогащению и пост-обогащению библиотеки всего 6,5 часов. Общее время "работы руками" сокращено до ~ 2 часов.
Интегрированный ввод образцов
Nextera Flex for Enrichment подходит для работы с разным количеством стартовой ДНК (50–1000 нг) и с различными типами образцов, включая кровь, слюну, геномную ДНК и ткани FFPE. Добавление образцов крови и слюны непосредственно в реакцию тагментации Nextera DNA Flex сокращает количество необходимых этапов количественного анализа, экономя время и средства.
Эффективность набора
Принимая во внимание всевозможные запросы и требования различных исследований, Nextera Flex for Enrichment обеспечивает предсказуемый размер вставок, равномерное покрытие и оптимизированную производительность независимо от количества вводимой ДНК. Технология, основанная на микро-шариках, сводит к минимуму расхождения и вероятность ошибок, что приводит к получению высоко воспроизводимых данных на всех системах секвенирования Illumina.
Спецификации
|
Время анализа |
~6,5 часов |
|---|---|
|
Время работы руками |
~2 часа |
| Количество реакций | Кастомный рабочий процесс: 16 или 96 образцов |
| Тип нуклеиновой кислоты | ДНК |
| Количество стартового материала |
10-1000 нг высококачественной геномной ДНК или 50-1000 нг ДНК из FFPE. (Кровь и слюна - см. в справочном руководстве) |
| Особенности содержимого |
Экзом: 45 Mb экзонического контента (≥98% от кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl) Пользовательские панели: 0,5 - 15 Mb интересующего геномного контента Готовые панели: содержимое зависит от панели |
| Описание | Быстрое и универсальное исследовательское решение, позволяющее выполнять полногеномное или таргетное секвенирование (как на пользовательской, так и готовой панеле) |
| Прочтения On-Target | ≥85% (для экзомных панелей) |
| Воспроизводимость | ≥90% (% покрытия при 20x для 4 Gb; для экзомных панели) |
| Мультиплексирование | До 96 доступных уникальных двойных индексов. |
| Механизм действия |
Совместимая с обогащением, связанная микро-шариками транспосома |
|
Для исследования каких видов подходит |
Человек, др. |
| Метод |
Custom Sequencing, Exome Sequencing, Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing |
| Класс вариаций |
Copy Number Variants (CNVs), Germline Variants, Insertions-Deletions (indels), Loss of Heterozygosity (LOH), Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Somatic Variants |
| Для работы с какими платформами подходит |
HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, iSeq 100, MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx (в исследовательском режиме), NextSeq 550, NextSeq 550Dx (в исследовательском режиме) |
| Специальные типы образцов | ткани FFPE, кровь, слюна |
| Технология | Секвенирование |
| Возможность автоматизации | Автоматические станции пипетирования |
Краткие особенности протокола и основные характеристики
-
В протокол входит 10-1000 нг ДНК. При этом, если это геномная ДНК и Вы знаете, что набором для выделения выделяется не менее 50 нг ДНК (в объеме 2-30 мкл), то можно не измерять концентрацию входящей ДНК на флуориметре.
-
Перед пулированием также не нужно измерять концентрации библиотек на флуориметре (если в протокол бралось >50нг), т.к. они уже будут нормализованными. Это достигается за счёт того, что тагментаза иммобилизована на магнитных частицах и реакция тагментации имеет насыщение.
-
С набором Flex Lysis Kit можно начинать протокол прямо с цельной кровью, этап выделения в этом случае будет интегрирован в протокол Nextera DNA Flex и другие наборы для выделения не понадобятся. По аналогии можно начинать протокол не только с кровью, но и со слюной, собранной в пробирки (например, Oragene DNA collection tubes). И измерять концентрацию вначале протокола и перед пулированием в этом случае также будет не нужно.
-
Не нужно использовать отдельные фрагментаторы (такие как, например, Covaris). При этом фрагментация тагментазой значительно улучшена по сравнению с Nextera Rapid Capture - геном покрывается более равномерно.
-
Это очень быстрый enrichment-протокол. Весь протокол занимает один день. Всего одна полуторачасовая гибридизация.
-
Протокол совместим с FFPE-образцами.
-
Высокая равномерность покрытия и эффективность обогащения.
-
Один протокол универсален и совместим со всеми зондами ниже для панелей TruSight, IDT exome, а также сторонними панелями, удовлетворяющими следующим критериям:
- зонды длиной 80н. или 120 н.;
- количество зондов от 500 до 675 тысяч;
- количество зондов на реакцию обогащения 1-12 образцов не менее 3 пмоль.
Рекомендации по проекту
|
Секвенатор |
Рекомендуемое количество образцов | Длина прочтения |
|---|---|---|
|
iSeq 100 |
TruSight Cancer: 4 образца за запуск (на основе 280x-кратного среднего таргетного покрытия; 99-процентное таргетное покрытие при 20x) | 2 х 100 п.о. |
|
TruSight Cardio: 4 samples per run (на основе 170x-кратного среднего таргетного покрытия; 100-процентное таргетное покрытие при 20x) |
2 х 100 п.о. | |
| MiniSeq |
TruSight Cancer (samples per run): mid output: 8, high output: 25 (на основе 280x-кратного среднего таргетного покрытия; 99-процентное таргетное покрытие при 20x) |
2 х 100 п.о. |
|
TruSight Cardio (samples per run): mid output: 8, high output: 25 (на основе 170x-кратного среднего таргетного покрытия; 100-процентное таргетное покрытие при 20x) |
2 х 100 п.о. | |
| MiSeq |
TruSight Cancer (samples per run): v2 reagents: 15, v3 reagents: 25 (на основе 280x-кратного среднего таргетного покрытия; 99-процентное таргетное покрытие при 20x) |
2 х 100 п.о. |
|
TruSight Cardio (samples per run): v2 reagents: 15, v3 reagents: 25 (на основе 170x-кратного среднего таргетного покрытия; 100%-процентное таргетное покрытие при 20x) |
2 х 100 п.о. | |
|
TruSight One (samples per run): v2 reagents: 1, v3 reagents: 2 (на основе 120x-кратного среднего таргетного покрытия; 95-процентное таргетное покрытие при 20x) |
2 х 100 п.о. (возможно до 2 х 150 п.о.) |
|
| NextSeq 550 | Экзом (образцов за запуск): mid output: 5, high output: 16 (на основе 50х-кратного среднего таргетного покрытия; 90-процентное таргетное покрытие при 20х) | 2 х 100 п.о. |
| TruSight One (образцов за запуск): mid output: 12, high output: 36 (на основе 120x-кратного среднего таргетного покрытия; 95-процентное таргетное покрытие при 20x) | 2 х 100 п.о. | |
| TruSight One Expanded (образцов за запуск): mid output: 7, high output: 24 (на основе 130х-кратного среднего таргетного покрытия; 97-процентное таргетное покрытие при 20x) | 2 х 100 п.о. | |
| HiSeq 2500 | Экзом (образцов за запуск, по типу проточной ячейки): rapid run: 12, high output with v4 reagents: 80 (на основе 50х-кратного среднего таргетного покрытия; 90-процентное таргетное покрытие при 20х) | 2 х 100 п.о. |
|
TruSight One (образцов за запуск, по типу проточной ячейки): rapid run: 27, high output with v4 reagents: 184 (на основе 120x-кратного среднего таргетного покрытия; 95-процентное таргетное покрытие при 20x) |
2 х 100 п.о. (возможно до 2 х 150 п.о.) | |
| TruSight One Expanded (образцов за запуск, одна потоковая ячейка): rapid run: 18, high output with v4 reagents: 121 (на основе 130х-кратного среднего таргетного покрытия; 97-процентное таргетное покрытие при 20x) | 2 х 100 п.о. | |
| HiSeq 4000 |
TruSight One Expanded (образцов за запуск, одна потоковая ячейка): 151 (на основе 130х-кратного среднего таргетного покрытия; 97-процентное таргетное покрытие при 20x) |
2 х 100 п.о. |
| NovaSeq 6000 | Экзом (образцов за запуск, по типу проточной ячейки): S1: 128, S2: 164, S4: 400 (на основе 50х-кратного среднего таргетного покрытия; 90-процентное таргетное покрытие при 20х; S4 ограничено доступными индексами) | 2 х 100 п.о. |
библиотек для: