Nextera Flex for Enrichment

Быстрый рабочий процесс для целого комплекса применений, обеспечивающий таргетное ресеквенирование для пользовательских и готовых панелей, обогащение полного экзома.

Nextera Flex for Enrichment - это самое быстрое и универсальное решение для таргетного секвенирования ДНК среди всех наборов для пробоподготовки от Illumina:

На 85% быстрее, чем стандартная подготовка библиотек и обогащение от Illumina
Интегрированные протоколы выделения ДНК для крови и слюны
Эффективная химия пробоподготовки на основе микрошариков для получения надежных результатов

Быстрая пробоподготовка для работы с обогащением

Работа с Nextera Flex for Enrichment быстрая и удобная. Химия сочетает тагментацию на шариках с упрощенным протоколом всего одной гибридизации, позволяя сократить общее время рабочего процесса до ~ 6,5 часов. От ввода и извлечения ДНК до нормализации, обогащению и пост-обогащению библиотеки всего 6,5 часов. Общее время "работы руками" сокращено до ~ 2 часов.

Интегрированный ввод образцов

Nextera Flex for Enrichment подходит для работы с разным количеством стартовой ДНК (50–1000 нг) и с различными типами образцов, включая кровь, слюну, геномную ДНК и ткани FFPE. Добавление образцов крови и слюны непосредственно в реакцию тагментации Nextera DNA Flex сокращает количество необходимых этапов количественного анализа, экономя время и средства.

Эффективность набора

Принимая во внимание всевозможные запросы и требования различных исследований, Nextera Flex for Enrichment обеспечивает предсказуемый размер вставок, равномерное покрытие и оптимизированную производительность независимо от количества вводимой ДНК. Технология, основанная на микро-шариках, сводит к минимуму расхождения и вероятность ошибок, что приводит к получению высоко воспроизводимых данных на всех системах секвенирования Illumina.

Спецификации

Время анализа	~6,5 часов
Время работы руками	~2 часа
Количество реакций	Кастомный рабочий процесс: 16 или 96 образцов
Тип нуклеиновой кислоты	ДНК
Количество стартового материала	10-1000 нг высококачественной геномной ДНК или 50-1000 нг ДНК из FFPE. (Кровь и слюна - см. в справочном руководстве)
Особенности содержимого	Экзом: 45 Mb экзонического контента (≥98% от кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl) Пользовательские панели: 0,5 - 15 Mb интересующего геномного контента Готовые панели: содержимое зависит от панели
Описание	Быстрое и универсальное исследовательское решение, позволяющее выполнять полногеномное или таргетное секвенирование (как на пользовательской, так и готовой панеле)
Прочтения On-Target	≥85% (для экзомных панелей)
Воспроизводимость	≥90% (% покрытия при 20x для 4 Gb; для экзомных панели)
Мультиплексирование	До 96 доступных уникальных двойных индексов.
Механизм действия	Совместимая с обогащением, связанная микро-шариками транспосома
Для исследования каких видов подходит	Человек, др.
Метод	Custom Sequencing, Exome Sequencing, Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing
Класс вариаций	Copy Number Variants (CNVs), Germline Variants, Insertions-Deletions (indels), Loss of Heterozygosity (LOH), Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Somatic Variants
Для работы с какими платформами подходит	HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, iSeq 100, MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx (в исследовательском режиме), NextSeq 550, NextSeq 550Dx (в исследовательском режиме)
Специальные типы образцов	ткани FFPE, кровь, слюна
Технология	Секвенирование
Возможность автоматизации	Автоматические станции пипетирования

Краткие особенности протокола и основные характеристики

В протокол входит 10-1000 нг ДНК. При этом, если это геномная ДНК и Вы знаете, что набором для выделения выделяется не менее 50 нг ДНК (в объеме 2-30 мкл), то можно не измерять концентрацию входящей ДНК на флуориметре.
Перед пулированием также не нужно измерять концентрации библиотек на флуориметре (если в протокол бралось >50нг), т.к. они уже будут нормализованными. Это достигается за счёт того, что тагментаза иммобилизована на магнитных частицах и реакция тагментации имеет насыщение.
С набором Flex Lysis Kit можно начинать протокол прямо с цельной кровью, этап выделения в этом случае будет интегрирован в протокол Nextera DNA Flex и другие наборы для выделения не понадобятся. По аналогии можно начинать протокол не только с кровью, но и со слюной, собранной в пробирки (например, Oragene DNA collection tubes). И измерять концентрацию вначале протокола и перед пулированием в этом случае также будет не нужно.
Не нужно использовать отдельные фрагментаторы (такие как, например, Covaris). При этом фрагментация тагментазой значительно улучшена по сравнению с Nextera Rapid Capture - геном покрывается более равномерно.
Это очень быстрый enrichment-протокол. Весь протокол занимает один день. Всего одна полуторачасовая гибридизация.
Протокол совместим с FFPE-образцами.
Высокая равномерность покрытия и эффективность обогащения.
Один протокол универсален и совместим со всеми зондами ниже для панелей TruSight, IDT exome, а также сторонними панелями, удовлетворяющими следующим критериям:
- зонды длиной 80н. или 120 н.;
- количество зондов от 500 до 675 тысяч;
- количество зондов на реакцию обогащения 1-12 образцов не менее 3 пмоль.

Рекомендации по проекту

Секвенатор	Рекомендуемое количество образцов	Длина прочтения
iSeq 100	TruSight Cancer: 4 образца за запуск (на основе 280x-кратного среднего таргетного покрытия; 99-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
iSeq 100	TruSight Cardio: 4 samples per run (на основе 170x-кратного среднего таргетного покрытия; 100-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
MiniSeq	TruSight Cancer (samples per run): mid output: 8, high output: 25 (на основе 280x-кратного среднего таргетного покрытия; 99-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
MiniSeq	TruSight Cardio (samples per run): mid output: 8, high output: 25 (на основе 170x-кратного среднего таргетного покрытия; 100-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
MiSeq	TruSight Cancer (samples per run): v2 reagents: 15, v3 reagents: 25 (на основе 280x-кратного среднего таргетного покрытия; 99-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
	TruSight Cardio (samples per run): v2 reagents: 15, v3 reagents: 25 (на основе 170x-кратного среднего таргетного покрытия; 100%-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
	TruSight One (samples per run): v2 reagents: 1, v3 reagents: 2 (на основе 120x-кратного среднего таргетного покрытия; 95-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о. (возможно до 2 х 150 п.о.)
NextSeq 550	Экзом (образцов за запуск): mid output: 5, high output: 16 (на основе 50х-кратного среднего таргетного покрытия; 90-процентное таргетное покрытие при 20х)	2 х 100 п.о.
	TruSight One (образцов за запуск): mid output: 12, high output: 36 (на основе 120x-кратного среднего таргетного покрытия; 95-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
	TruSight One Expanded (образцов за запуск): mid output: 7, high output: 24 (на основе 130х-кратного среднего таргетного покрытия; 97-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
HiSeq 2500	Экзом (образцов за запуск, по типу проточной ячейки): rapid run: 12, high output with v4 reagents: 80 (на основе 50х-кратного среднего таргетного покрытия; 90-процентное таргетное покрытие при 20х)	2 х 100 п.о.
	TruSight One (образцов за запуск, по типу проточной ячейки): rapid run: 27, high output with v4 reagents: 184 (на основе 120x-кратного среднего таргетного покрытия; 95-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о. (возможно до 2 х 150 п.о.)
	TruSight One Expanded (образцов за запуск, одна потоковая ячейка): rapid run: 18, high output with v4 reagents: 121 (на основе 130х-кратного среднего таргетного покрытия; 97-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
HiSeq 4000	TruSight One Expanded (образцов за запуск, одна потоковая ячейка): 151 (на основе 130х-кратного среднего таргетного покрытия; 97-процентное таргетное покрытие при 20x)	2 х 100 п.о.
NovaSeq 6000	Экзом (образцов за запуск, по типу проточной ячейки): S1: 128, S2: 164, S4: 400 (на основе 50х-кратного среднего таргетного покрытия; 90-процентное таргетное покрытие при 20х; S4 ограничено доступными индексами)	2 х 100 п.о.

Nextera Flex - новая эра пробоподготовки

Откройте для себя все возможности, которые технология Nextera может дать Вашей лаборатории, с помощью этой интерактивной инфографики.
Наборы пробоподготовки Nextera подходят для полногеномного секвенирования в различных областях применения на разных секвенаторах Illumina.

Подробнее

Когда использовать стандартную нормализацию, а когда нормализацию на шариках?

Для исследований с высокой пропускной способностью нормализация на основе шариков может сэкономить время и ресурсы. В этом техническом примечании приводятся рекомендации и данные, сравнивающие два метода нормализации, чтобы помочь вам решить, какой вариант использовать.

Подробнее

Пример рабочего процесса для конкретного метода

Подготовка
библиотек для:

Whole Exome Sequencing

Targeted Resequencing

Секвенирование на:

iSeq 100 System
MiniSeq System
MiSeq System
NextSeq System
HiSeq 4000 System
NovaSeq 6000 System

Анализ данных с помощью:

BaseSpace Enrichment App

Документы для скачивания

Somatic Variant Detection in FFPE Samples with Nextera Flex for Enrichment Nextera Flex for Enrichment Data Sheet

Nextera Flex for Enrichment