Nextera Rapid Capture Custom Enrichment KitВЕРНУТЬСЯ НАЗАД
Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Kit
Данный набор позволяет быстро исследовать те части человеческого генома, которые наиболее важны для Вашего конкретного исследования.
-
Объединение процесса подготовки библиотек и обогащения - тагментация и оптимизированная гибридизация Nextera сокращают продолжительность рабочего процесса и тем самым ускоряют получение данных.
-
Участки, представляющие интерес, - изучайте выбранный Вами для исследования участок длиной 0,5–15 Mb в одном анализе обогащения.
-
Возможность дополнять существующие готовые панели - по мере развития ваших исследований, Вы можете расширять панели всё больше и больше.
Nextera Rapid Capture Custom Enrichment создан для исследования интересующих исследователя областей генома. Используйте этот универсальный набор для подготовки библиотеки и обогащения и разработайте свою панель с помощью удобной онлайн-программы.
Эти кастомные панели позволяет исследователям быстро и успешно просеквенировать ценные образцы, используя всего лишь 50 нг стартовой ДНК. Содержимое данного набора может быть расширено с течением времени - могут быть добавлены представляющие интерес участки из готовых панелей, таких как TruSight.
С помощью Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Вы можете быстро включить те части человеческого генома, которые наиболее важны для вашего проекта. Разместите гибридизационные зонды плотно в участке размером до 0,5 Mb или более свободно, чтобы получить до 15 Mb полностью кастомного содержимого.
Вы можете как начать исследование с готовых панелей и по мере продвижения, добавить области, которые заходите исследовать дополнительно, или сразу начать с кастомной панелью, разработанной под ваши запросы. Например, проект может начинаться с готового экзомного содержимого, а затем могут быть добавлены важные некодирующие участки.
DesignStudio Software
DesignStudio Software - это интуитивно понятный и полностью поддерживаемый онлайн-инструмент для разработки кастомных панелей. Этот бесплатный инструмент доступен всем, у кого есть аккаунт на MyIllumina. Добавьте интересующие Вас участки, оптимизируйте плотность расположения зондов и оцените стоимость Вашего проекта, прежде чем окончательно оформлять заказ.
Спецификации
| Количество реакций | 48, 96 или 288 образцов |
|---|---|
| Тип нуклеиновой кислоты | ДНК |
| Количество стартового материала | 50 нг ДНК |
| Особенности содержимого |
Кастомный интересующий геномный контент (0,5 - 15 Mb) |
| Описание |
Работа с кастомными панелями, существующими панелями, разработанными Illumina, или ранее заказанными кастомными панелями, чтобы обеспечить обогащение геномного контента, представляющего интерес. |
| Мультиплексирование | 12-плекс (пул до 12 образцов на реакцию обогащения) |
| Механизм действия |
Ферментативная фрагментация и гибридизация на основе обогащения |
|
Для исследования каких видов подходит |
Человек |
| Метод |
Кастомное Секвенирование, Таргетное Обогащение, Таргетное ДНК Секвенирование |
| Класс вариаций |
Варианты числа копий (CNV), Фьюжены генов, Герминальные варианты, Инделы (вставки-делеции), Однонуклеотидный полиморфизм (SNP), Соматические варианты |
| Для работы с какими платформами подходит |
HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 500, NextSeq 550 |
| Специальные типы образцов |
несовместимые с FFPE |
| Технология | Секвенирование |
| Возможность автоматизации | Автоматические станции пипетирования |
Сравнение наборов
| Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Kit |
Nextera Flex for Enrichment |
AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel |
AmpliSeq for Illumina On-Demand |
|
| Количество реакций | 48, 96 или 288 образцов | Кастомный рабочий процесс: 16 или 96 образцов |
750 или 3000 реакций |
24 или 96 реакций |
| Количество стартового материала | 50 нг ДНК |
10-1000 нг высококачественной геномной ДНК или 50-1000 нг ДНК из FFPE. (Кровь и слюна - см. в справочном руководстве) |
1-100 нг (рекомендуется 10 нг для каждого пула) |
1-100 нг ДНК |
| Особенности содержимого |
Кастомный интересующий геномный контент (0,5 - 15 Mb) |
Экзом: 45 Mb экзонического контента (≥98% от кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl) Пользовательские панели: 0,5 - 15 Mb интересующего геномного контента Готовые панели: содержимое зависит от панели |
Содержимое, представляющее интерес дляисследователя, - до 5 Mb | Кастомное содержимое от 1 (24 ампликона) до 500 (15 000 ампликонов) генов |
| Описание | Работа с кастомными панелями, существующими панели, разработанными Illumina, или ранее заказанными кастомными панелями, чтобы обеспечить обогащение геномного контента, представляющего интерес. |
Быстрое и универсальное исследовательское решение, позволяющее выполнять полногеномное или таргетное секвенирование (как на пользовательской, так и готовой панеле) |
Кастомная исследовательская панель, которую можно использовать для исследований конкретных генов, участков или вариаций, представляющих интерес исследователя, с высокой точностью. | Кастомная исследовательская панель из> 5000 предварительно протестированных генов, который можно использовать для исследования конкретных генов, участков или вариаций, представляющих исследовательский интерес. |
| Мультиплексирование | 12-плекс (пул до 12 образцов на реакцию обогащения) |
До 96 доступных уникальных двойных индексов. |
До 96-плекс | До 96-плекс |
| Механизм действия |
Ферментативная фрагментация и гибридизация на основе обогащения |
Совместимая с обогащением, связанная микро-шариками транспосома |
Мультиплексная ПЦР | Мультиплексная ПЦР |
|
Для исследования каких видов подходит |
Человек | Человек и др. |
Доступно 12 референсных геномов: человек, мышь, КРС, собака, рис, овеца, помидор, хомяк, курица, свинья, кукуруза, соя |
Человек |
| Метод |
Кастомное Секвенирование, Таргетное Обогащение, Таргетное ДНК Секвенирование |
Кастомное Секвенирование, Экзомное Секвенирование, Таргетное Обогащение, Таргетное ДНК Секвенирование |
Секвенирование ампликонов, Кастомное Секвенирование, Генотипирование с помощью секвенирования, Таргетное ДНК Секвенирование |
Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование |
| Специальные типы образцов |
несовместимые с FFPE |
ткани FFPE, кровь, слюна |
Кровь, ткань FFPE |
ткани FFPE |
Высокая равномерность покрытия кастомных 12-плексных пулов
Nextera Rapid Capture Custom Enrichment обеспечивает равномерное обогащение таргетов по различным кастомным наборам зондов и отдельным образцам в 12-плексном пуле. A. Однородность покрытия показана в % таргетных оснований, с покрытием >0,2x от среднего. Столбики ошибок показывают стандартное отклонение по 12 пулированным образцам для каждого проекта. B. Показана равномерность покрытия для каждого из 12 пулированных образцов в Проекте 3. Среднее покрытие для этого запуска было 300x, и показан % таргетных оснований, с покрытием >60x.
