Nextera Rapid Capture Custom Enrichment KitВЕРНУТЬСЯ НАЗАД

Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Kit

Данный набор позволяет быстро исследовать те части человеческого генома, которые наиболее важны для Вашего конкретного исследования.

  • Объединение процесса подготовки библиотек и обогащения - тагментация и оптимизированная гибридизация Nextera сокращают продолжительность рабочего процесса и тем самым ускоряют получение данных.

  • Участки, представляющие интерес, - изучайте выбранный Вами для исследования участок длиной 0,5–15 Mb в одном анализе обогащения.

  • Возможность дополнять существующие готовые панели - по мере развития ваших исследований, Вы можете расширять панели всё больше и больше.


Nextera Rapid Capture Custom Enrichment создан для исследования интересующих исследователя областей генома. Используйте этот универсальный набор для подготовки библиотеки и обогащения и разработайте свою панель с помощью удобной онлайн-программы.

Эти кастомные панели позволяет исследователям быстро и успешно просеквенировать ценные образцы, используя всего лишь 50 нг стартовой ДНК. Содержимое данного набора может быть расширено с течением времени - могут быть добавлены представляющие интерес участки из готовых панелей, таких как TruSight.

С помощью Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Вы можете быстро включить те части человеческого генома, которые наиболее важны для вашего проекта. Разместите гибридизационные зонды плотно в участке размером до 0,5 Mb или более свободно, чтобы получить до 15 Mb полностью кастомного содержимого. 

Вы можете как начать исследование с готовых панелей и по мере продвижения, добавить области, которые заходите исследовать дополнительно, или сразу начать с кастомной панелью, разработанной под ваши запросы. Например, проект может начинаться с готового экзомного содержимого, а затем могут быть добавлены важные некодирующие участки.

DesignStudio Software

DesignStudio Software - это интуитивно понятный и полностью поддерживаемый онлайн-инструмент для разработки кастомных панелей. Этот бесплатный инструмент доступен всем, у кого есть аккаунт на MyIllumina. Добавьте интересующие Вас участки, оптимизируйте плотность расположения зондов и оцените стоимость Вашего проекта, прежде чем окончательно оформлять заказ.

Спецификации

Количество реакций 48, 96 или 288 образцов
Тип нуклеиновой кислоты  ДНК
Количество стартового материала 50 нг ДНК
Особенности содержимого Кастомный интересующий геномный контент (0,5 - 15 Mb)
Описание Работа с кастомными панелями, существующими панелями, разработанными Illumina, или ранее заказанными кастомными панелями, чтобы обеспечить обогащение геномного контента, представляющего интерес.
Мультиплексирование 12-плекс (пул до 12 образцов на реакцию обогащения)
Механизм действия Ферментативная фрагментация и гибридизация на основе обогащения
Для исследования каких видов подходит
Человек
Метод Кастомное Секвенирование, Таргетное ОбогащениеТаргетное ДНК Секвенирование
Класс вариаций Варианты числа копий (CNV), Фьюжены генов, Герминальные варианты, Инделы (вставки-делеции), Однонуклеотидный полиморфизм (SNP), Соматические варианты
Для работы с какими платформами подходит HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, MiniSeq,  MiSeq, NextSeq 500, NextSeq 550
 Специальные типы образцов несовместимые с FFPE
Технология Секвенирование 
Возможность автоматизации Автоматические станции пипетирования

Сравнение наборов

  Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Kit Nextera Flex for Enrichment
AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel
AmpliSeq for Illumina On-Demand
Количество реакций 48, 96 или 288 образцов Кастомный рабочий процесс: 16 или 96 образцов  750 или 3000 реакций
24 или 96 реакций
Количество стартового материала 50 нг ДНК 10-1000 нг высококачественной геномной ДНК или 50-1000 нг ДНК из FFPE.
(Кровь и слюна - см. в справочном руководстве)
1-100 нг (рекомендуется 10 нг для каждого пула)
1-100 нг ДНК
Особенности содержимого Кастомный интересующий геномный контент (0,5 - 15 Mb)
Экзом: 45 Mb экзонического контента (≥98% от кодирующего содержимого RefSeq, CCDS и Ensembl) 

Пользовательские панели: 0,5 - 15 Mb интересующего геномного контента 

Готовые панели: содержимое зависит от панели
Содержимое, представляющее интерес дляисследователя, - до 5 Mb Кастомное содержимое от 1 (24 ампликона) до 500 (15 000 ампликонов) генов
Описание Работа с кастомными панелями, существующими панели, разработанными Illumina, или ранее заказанными кастомными панелями, чтобы обеспечить обогащение геномного контента, представляющего интерес. Быстрое и универсальное исследовательское решение, позволяющее выполнять полногеномное или таргетное секвенирование (как на пользовательской, так и готовой панеле)
Кастомная исследовательская панель, которую можно использовать для исследований конкретных генов, участков или вариаций, представляющих интерес исследователя, с высокой точностью. Кастомная исследовательская панель из> 5000 предварительно протестированных генов, который можно использовать для исследования конкретных генов, участков или вариаций, представляющих исследовательский интерес.
Мультиплексирование 12-плекс (пул до 12 образцов на реакцию обогащения) До 96 доступных уникальных двойных индексов.
До 96-плекс До 96-плекс
Механизм действия Ферментативная фрагментация и гибридизация на основе обогащения
Совместимая с обогащением, связанная микро-шариками транспосома
Мультиплексная ПЦР Мультиплексная ПЦР
Для исследования каких видов подходит
Человек Человек и др. Доступно 12 референсных геномов: человек, мышь, КРС, собака, рис, овеца, помидор, хомяк, курица, свинья, кукуруза, соя
Человек
Метод Кастомное Секвенирование, Таргетное ОбогащениеТаргетное ДНК Секвенирование
Кастомное Секвенирование, Экзомное СеквенированиеТаргетное ОбогащениеТаргетное ДНК Секвенирование
Секвенирование ампликонов, Кастомное Секвенирование, Генотипирование с помощью секвенированияТаргетное ДНК Секвенирование
Секвенирование ампликоновТаргетное ДНК Секвенирование
 Специальные типы образцов несовместимые с FFPE
ткани FFPE, кровь, слюна
Кровь, ткань FFPE
ткани FFPE

Высокая равномерность покрытия кастомных 12-плексных пулов

nextera-rapid-capture-custom-enrichment-kit-web-graphic.png

Nextera Rapid Capture Custom Enrichment обеспечивает равномерное обогащение таргетов по различным кастомным наборам зондов и отдельным образцам в 12-плексном пуле. A. Однородность покрытия показана в % таргетных оснований, с покрытием >0,2x от среднего. Столбики ошибок показывают стандартное отклонение по 12 пулированным образцам для каждого проекта. B. Показана равномерность покрытия для каждого из 12 пулированных образцов в Проекте 3. Среднее покрытие для этого запуска было 300x, и показан % таргетных оснований, с покрытием >60x.



Без имени-1.png
Технология Nextera Flex

Подготовка библиотек по принципу Nextera Flex является самой быстрой и универсальной из пробоподготовок Illumina. Уникальная транспозомная химия на основе шариков, объединяет этапы выделения ДНК, фрагментации, подготовки библиотеки и её нормализации.

Подробнее

Пример рабочего процесса для конкретного метода
Подготовка
библиотек для:
Секвенирование на: