TruSight Cancer
TruSight Cancer
Эти панели предназначены для исследования 94 генов и 284 SNP, связанных с предрасположенностью к различным видам рака.
Разработанные в сотрудничестве с экспертами по геномике рака, эти готовые к использованию олиги позволяют исследователям секвенировать различные гены и однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), определённые ранее как связанные с предрасположенностью к раку.
Позволяет исследовать 94 гена и 284 SNP, связанных с предрасположенностью к раку
TruSight Cancer включает в себя гены, связанные как с широко распространёнными видами рака (например, молочной железы, колоректальный), так и с редкими. Кроме того, набор включает в себя 284 SNP, которые, как было установлено, коррелируют с раком в рамках общегеномных ассоциативных исследований (GWAS). Отбор содержимого основывался на экспертной оценке, научной литературе и других достоверных источниках.
Панель TruSight Cancer представляет собой зонды, специфичные интересным для исследования областям. Поставляемых реагентов достаточно для четырех реакций обогащения. TruSight Cancer совместим с TruSight Rapid Capture и Nextera Flex for Enrichment.
Данные по TruSight Cancer
6 контрольных образцов человека были приготовлены с использованием панели TruSight Cancer. Эти библиотеки были просеквенированы на системе MiniSeq (high output kit) с длиной чтения 2 x 100 п.о. с двойной индексацией. Общий выход составил 5,2 Gb с 95,8% оснований на уровне Q30 или выше.
Спецификации
| Время анализа | 1,5 дня |
|---|---|
| Время непосредственно работы руками | 5 часов |
| Количество стартового материала | 50 нг ДНК |
| Описание |
Панель для определения герминативных мутаций для распространенных и редких форм рака |
| Особенности содержимого |
Готовый набор зондов, которые обогащают 94 гена и 284 SNP, связанных с распространенными и редкими типами рака |
| Мультиплексирование | До 96-plex |
| Для работы с какими платформами подходит |
MiniSeq, MiSeq, MiSeq (в исследовательском режиме), NextSeq 500, NextSeq 550 |
| Класс вариантов |
Герминальные варианты |
| Тип нуклеиновой кислоты | ДНК |
| Специализированные типы образцов |
Несовместимые с FFPE |
| Метод |
Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing |
| Для исследования каких видов подходит |
Человек |
| Технология | Секвенирование |
| Тип рака | Pan-Cancer |
Рекомендации по проекту
|
Секвенатор |
Рекомендуемое количество образцов | Длина прочтения |
|---|---|---|
|
MiniSeq |
Образцов за запуск: mid output: 12, high output: 24 (на основе >20-кратного покрытия таргета) |
до 2 х 150 п.о. |
|
MiSeq |
Образцов за запуск (в зависимости от версии набора): v2: 12, v3: 24 (на основе >20-кратного покрытия таргета) |
до 2 х 150 п.о. |
| NextSeq 550 |
Образцов за запуск: mid output: 96, high output: 96 (на основе >20-кратного покрытия таргета) |
до 2 х 150 п.о. |
Сравнение наборов
|
TruSight Cancer |
AmpliSeq for Illumina BRCA Panel |
|
| Время анализа | 1,5 дня | 5 часов (только подготовка библиотеки; не включает количественную оценку библиотеки, нормализацию или время пулирования) |
|
Время непосредственно работы руками |
5 часов | < 1,5 часов |
|
Особенности содержимого |
Готовый набор зондов, которые обогащают 94 гена и 284 SNP, связанных с распространенными и редкими типами рака |
Экзонные области и фланкирующие интронные последовательности BRCA1 и BRCA2 |
| Количество стартового материала |
50 нг ДНК |
1–100 нг (10 нг рекомендуется для пула) |
| Описание |
Панель для определения герминативных мутаций для распространенных и редких форм рака |
Герминативный и соматический анализ BRCA1 и BRCA2. |
| Мультиплексирование |
До 96-плекс |
96 комбинаций двойных индексов |
|
Для исследования каких видов подходит |
Человек |
Человек |
| Класс вариаций | Germline Variants |
Герминальные варианты, инделы (вставки-делеции), однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs), соматические варианты |
| Метод |
Таргетное Обогащение, Таргетное ДНК Секвенирование |
Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование |
| Специальные типы образцов |
Несовместимые с FFPE |
ткани FFPE |
MiSeq System
NextSeq 550 System