TruSight CancerВЕРНУТЬСЯ НАЗАД

TruSight Cancer

Эти панели предназначены для исследования 94 генов и 284 SNP, связанных с предрасположенностью к различным видам рака.

Разработанные в сотрудничестве с экспертами по геномике рака, эти готовые к использованию олиги позволяют исследователям секвенировать различные гены и однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), определённые ранее как связанные с предрасположенностью к раку.

Позволяет исследовать 94 гена и 284 SNP, связанных с предрасположенностью к раку

TruSight Cancer включает в себя гены, связанные как с широко распространёнными видами рака (например, молочной железы, колоректальный), так и с редкими. Кроме того, набор включает в себя 284 SNP, которые, как было установлено, коррелируют с раком в рамках общегеномных ассоциативных исследований (GWAS). Отбор содержимого основывался на экспертной оценке, научной литературе и других достоверных источниках.

Панель TruSight Cancer представляет собой зонды, специфичные интересным для исследования областям. Поставляемых реагентов достаточно для четырех реакций обогащения. TruSight Cancer совместим с TruSight Rapid Capture и Nextera Flex for Enrichment.

Данные по TruSight Cancer

6 контрольных образцов человека были приготовлены с использованием панели TruSight Cancer. Эти библиотеки были просеквенированы на системе MiniSeq (high output kit) с длиной чтения 2 x 100 п.о. с двойной индексацией. Общий выход составил 5,2 Gb с 95,8% оснований на уровне Q30 или выше.

Посмотреть результаты исследования >>

Спецификации

Время анализа	1,5 дня
Время непосредственно работы руками	5 часов
Количество стартового материала	50 нг ДНК
Описание	Панель для определения герминативных мутаций для распространенных и редких форм рака
Особенности содержимого	Готовый набор зондов, которые обогащают 94 гена и 284 SNP, связанных с распространенными и редкими типами рака
Мультиплексирование	До 96-plex
Для работы с какими платформами подходит	MiniSeq, MiSeq, MiSeq (в исследовательском режиме), NextSeq 500, NextSeq 550
Класс вариантов	Герминальные варианты
Тип нуклеиновой кислоты	ДНК
Специализированные типы образцов	Несовместимые с FFPE
Метод	Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing
Для исследования каких видов подходит	Человек
Технология	Секвенирование
Тип рака	Pan-Cancer

Секвенатор	Рекомендуемое количество образцов	Длина прочтения
MiniSeq	Образцов за запуск: mid output: 12, high output: 24 (на основе >20-кратного покрытия таргета)	до 2 х 150 п.о.
MiSeq	Образцов за запуск (в зависимости от версии набора): v2: 12, v3: 24 (на основе >20-кратного покрытия таргета)	до 2 х 150 п.о.
NextSeq 550	Образцов за запуск: mid output: 96, high output: 96 (на основе >20-кратного покрытия таргета)	до 2 х 150 п.о.

Сравнение наборов

	TruSight Cancer	AmpliSeq for Illumina BRCA Panel
Время анализа	1,5 дня	5 часов (только подготовка библиотеки; не включает количественную оценку библиотеки, нормализацию или время пулирования)
Время непосредственно работы руками	5 часов	< 1,5 часов
Особенности содержимого	Готовый набор зондов, которые обогащают 94 гена и 284 SNP, связанных с распространенными и редкими типами рака	Экзонные области и фланкирующие интронные последовательности BRCA1 и BRCA2
Количество стартового материала	50 нг ДНК	1–100 нг (10 нг рекомендуется для пула)
Описание	Панель для определения герминативных мутаций для распространенных и редких форм рака	Герминативный и соматический анализ BRCA1 и BRCA2.
Мультиплексирование	До 96-плекс	96 комбинаций двойных индексов
Для исследования каких видов подходит	Человек	Человек
Класс вариаций	Germline Variants	Герминальные варианты, инделы (вставки-делеции), однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs), соматические варианты
Метод	Таргетное Обогащение, Таргетное ДНК Секвенирование	Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование
Специальные типы образцов	Несовместимые с FFPE	ткани FFPE